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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 能否用FPKM筛选差异基因
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lijlsdau

新虫 (著名写手)

[求助] 能否用FPKM筛选差异基因已有2人参与

公司给的差异基因是通过readcount计算出来的，FPKM相当于对count进行了标准化，那么我们能否直接用FPKM筛选差异基因呢，用exel的T-test检验寻找差异基因？

@biostar2009 @wizardfan 发自小木虫Android客户端
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耐心、细心、用心
1楼2019-03-01 16:36:17
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drwhoknowss

荣誉版主 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
lijlsdau(渊博震天代发): 金币+20, 鼓励积极回帖 2019-03-02 14:44:47
不够，你还要normalize到看家基因或者用deseq
FPKM会受测序深度影响
赞一下 回复此楼
Progress in science depends on new techniques, new discoveries and new ideas, probably in that order. -- Nobel laureate Sydney Brenner
4楼2019-03-01 23:35:15
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欧易 李炼

新虫 (小有名气)
哪个公司给的？

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2楼2019-03-01 19:09:20
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lijlsdau

新虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 欧易 李炼 at 2019-03-01 19:09:20
哪个公司给的？

华大基因

发自小木虫Android客户端
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耐心、细心、用心
3楼2019-03-01 19:41:36
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酱油托儿所

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
可以是可以，但是还需要做一些数据质控的工作，还是再看一下有没有别的整理好的数据，或者在网上学习一下把数据转化的方法吧，不然就像上面的老师说的，有测序深度的影响
赞一下 回复此楼
生物信息数据挖掘爱好者
5楼2019-03-04 09:14:53
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