应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 能否用FPKM筛选差异基因
61/1返回列表
查看: 2925  |  回复: 5
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

lijlsdau

新虫 (著名写手)

[求助] 能否用FPKM筛选差异基因已有2人参与

公司给的差异基因是通过readcount计算出来的，FPKM相当于对count进行了标准化，那么我们能否直接用FPKM筛选差异基因呢，用exel的T-test检验寻找差异基因？

@biostar2009 @wizardfan 发自小木虫Android客户端
回复此楼

» 猜你喜欢
耐心、细心、用心
1楼2019-03-01 16:36:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

欧易 李炼

新虫 (小有名气)
哪个公司给的？

发自小木虫Android客户端
回复此楼
2楼2019-03-01 19:09:20
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lijlsdau

新虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 欧易 李炼 at 2019-03-01 19:09:20
哪个公司给的？

华大基因

发自小木虫Android客户端
回复此楼
耐心、细心、用心
3楼2019-03-01 19:41:36
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

drwhoknowss

荣誉版主 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
lijlsdau(渊博震天代发): 金币+20, 鼓励积极回帖 2019-03-02 14:44:47
不够，你还要normalize到看家基因或者用deseq
FPKM会受测序深度影响
赞一下 回复此楼
Progress in science depends on new techniques, new discoveries and new ideas, probably in that order. -- Nobel laureate Sydney Brenner
4楼2019-03-01 23:35:15
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

酱油托儿所

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
可以是可以，但是还需要做一些数据质控的工作，还是再看一下有没有别的整理好的数据，或者在网上学习一下把数据转化的方法吧，不然就像上面的老师说的，有测序深度的影响
赞一下 回复此楼
生物信息数据挖掘爱好者
5楼2019-03-04 09:14:53
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

欧易 李炼

新虫 (小有名气)
FPKM是一个参考标准，但不是唯一的

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
6楼2019-03-04 15:22:24
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 lijlsdau 的主题更新
61/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭