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lijlsdau

新虫 (著名写手)

[求助] 能否用FPKM筛选差异基因已有2人参与

公司给的差异基因是通过readcount计算出来的,FPKM相当于对count进行了标准化,那么我们能否直接用FPKM筛选差异基因呢,用exel的T-test检验寻找差异基因?

@biostar2009 @wizardfan 发自小木虫Android客户端
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耐心、细心、用心
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lijlsdau

新虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 欧易 李炼 at 2019-03-01 19:09:20
哪个公司给的?

华大基因

发自小木虫Android客户端
耐心、细心、用心
3楼2019-03-01 19:41:36
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欧易 李炼

新虫 (小有名气)

2楼2019-03-01 19:09:20
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drwhoknowss

荣誉版主 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
lijlsdau(渊博震天代发): 金币+20, 鼓励积极回帖 2019-03-02 14:44:47
不够,你还要normalize到看家基因或者用deseq
FPKM会受测序深度影响
Progress in science depends on new techniques, new discoveries and new ideas, probably in that order. -- Nobel laureate Sydney Brenner
4楼2019-03-01 23:35:15
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酱油托儿所

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
可以是可以,但是还需要做一些数据质控的工作,还是再看一下有没有别的整理好的数据,或者在网上学习一下把数据转化的方法吧,不然就像上面的老师说的,有测序深度的影响
生物信息数据挖掘爱好者
5楼2019-03-04 09:14:53
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