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睡眼惺忪的人

银虫 (小有名气)

[求助] Dmol3寻找过渡态

以A+·OH→B反应为例,反应物结构是A+·OH,我发现如果A和·OH放置的相对位置不同,计算所得的反应热和能垒就存在很大差异,那么在计算中,到底怎么处理两者之间的相对位置才能得到可靠的结果。
还有就是在搜索过渡态过程中,使用RMS convergence=0.002(fine精度)总是计算失败,而将此值增大为0.005时则能很快计算成功,到底为什么会这样,如何能在fine精度下计算成功呢?需要怎么样调整反应物构型?希望大家给出宝贵意见,谢谢
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur

【答案】应助回帖

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蛋蛋小童鞋: 应助指数+1 2017-02-15 10:06:34
睡眼惺忪的人: 金币+50, ★★★★★最佳答案 2017-02-15 10:54:12
如果A和·OH之间不是弱作用到成键作用的转换的话,A+·OH很有可能是找不出过渡态的,至少过渡态两端连接的是稳定的反应物和产物。整个过程不是很复杂,你可以通过扫描势能面检验之(可以自己生成一套这样的xtd轨迹,仅做LST看看)。要小心的是,两个片段可能放的超出截断半径的距离,这种情况基函数根本没有重叠,有可能会得不到正确的结果。
不一定挂在论坛,计算问题问题欢迎留言。
2楼2017-02-14 19:43:27
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睡眼惺忪的人

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 卡开发发 at 2017-02-14 19:43:27
如果A和·OH之间不是弱作用到成键作用的转换的话,A+·OH很有可能是找不出过渡态的,至少过渡态两端连接的是稳定的反应物和产物。整个过程不是很复杂,你可以通过扫描势能面检验之(可以自己生成一套这样的xtd轨迹, ...

A和·OH之间确实是有相互作用,现在的问题是反应物中·OH相对于A应如何放置?因为放置位置不同,反应物能量也不同,得到的能垒和反应热也有差异。是否应对A+·OH做优化以找到能量最低的反应物。还有请问您提到的扫描势能面该怎么操作呢?谢谢您~
3楼2017-02-15 09:59:17
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur

引用回帖:
3楼: Originally posted by 睡眼惺忪的人 at 2017-02-15 09:59:17
A和·OH之间确实是有相互作用,现在的问题是反应物中·OH相对于A应如何放置?因为放置位置不同,反应物能量也不同,得到的能垒和反应热也有差异。是否应对A+·OH做优化以找到能量最低的反应物。还有请问您提到的扫 ...

有相互作用不见得表示一定存在一般的过渡态,很大程度上与放置无关。如果两个片段处于超出截断半径的范围,有可能优化出来的结构并不是一个很合理的结构。扫描你可以通过reaction preview tools建立一个轨迹,然后用DMol3作TS,search的方法用LST Maximum好了,看看LST走出的轨迹是什么样的。
不一定挂在论坛,计算问题问题欢迎留言。
4楼2017-02-15 10:15:41
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睡眼惺忪的人

银虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 卡开发发 at 2017-02-15 10:15:41
有相互作用不见得表示一定存在一般的过渡态,很大程度上与放置无关。如果两个片段处于超出截断半径的范围,有可能优化出来的结构并不是一个很合理的结构。扫描你可以通过reaction preview tools建立一个轨迹,然后 ...

好的,谢谢您
5楼2017-02-15 10:53:46
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xitao1234

木虫 (小有名气)


请问我也做模拟过渡态,可是没生成过渡态图,想问你怎么做的

发自小木虫IOS客户端
6楼2017-10-28 15:15:39
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dcfghl

银虫 (初入文坛)

楼主,你的RMS convergence精度怎么设置的呀,我现在也是这个问题,RMS为fine收敛不了,为medium很快就收敛了,这个结果对活化能影响大不大呀,谢谢!
7楼2017-12-22 10:43:42
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283208234

木虫 (小有名气)

楼主能不能留个联系方式?一起讨论进步

发自小木虫Android客户端
8楼2017-12-23 22:22:33
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1164085655

新虫 (初入文坛)

楼主,请问你的问题解决了吗?我现在也是fine下面不收敛
9楼2017-12-28 16:11:07
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