应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » Dmol3寻找过渡态
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
51/1返回列表
查看: 2043  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

睡眼惺忪的人

银虫 (小有名气)

[求助] Dmol3寻找过渡态

以A+·OH→B反应为例，反应物结构是A+·OH，我发现如果A和·OH放置的相对位置不同，计算所得的反应热和能垒就存在很大差异，那么在计算中，到底怎么处理两者之间的相对位置才能得到可靠的结果。
还有就是在搜索过渡态过程中，使用RMS convergence=0.002(fine精度)总是计算失败，而将此值增大为0.005时则能很快计算成功，到底为什么会这样，如何能在fine精度下计算成功呢?需要怎么样调整反应物构型？希望大家给出宝贵意见，谢谢
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2017-02-14 11:07:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dcfghl

银虫 (初入文坛)
楼主，你的RMS convergence精度怎么设置的呀，我现在也是这个问题，RMS为fine收敛不了，为medium很快就收敛了，这个结果对活化能影响大不大呀，谢谢！
赞一下 回复此楼
7楼2017-12-22 10:43:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答

卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
蛋蛋小童鞋: 应助指数+1 2017-02-15 10:06:34
睡眼惺忪的人: 金币+50, ★★★★★最佳答案 2017-02-15 10:54:12
如果A和·OH之间不是弱作用到成键作用的转换的话，A+·OH很有可能是找不出过渡态的，至少过渡态两端连接的是稳定的反应物和产物。整个过程不是很复杂，你可以通过扫描势能面检验之（可以自己生成一套这样的xtd轨迹，仅做LST看看）。要小心的是，两个片段可能放的超出截断半径的距离，这种情况基函数根本没有重叠，有可能会得不到正确的结果。
赞一下(1人) 回复此楼
不一定挂在论坛，计算问题问题欢迎留言。
2楼2017-02-14 19:43:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

睡眼惺忪的人

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 卡开发发 at 2017-02-14 19:43:27
如果A和·OH之间不是弱作用到成键作用的转换的话，A+·OH很有可能是找不出过渡态的，至少过渡态两端连接的是稳定的反应物和产物。整个过程不是很复杂，你可以通过扫描势能面检验之（可以自己生成一套这样的xtd轨迹， ...

A和·OH之间确实是有相互作用，现在的问题是反应物中·OH相对于A应如何放置？因为放置位置不同，反应物能量也不同，得到的能垒和反应热也有差异。是否应对A+·OH做优化以找到能量最低的反应物。还有请问您提到的扫描势能面该怎么操作呢？谢谢您~
赞一下 回复此楼
3楼2017-02-15 09:59:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
引用回帖:
3楼: Originally posted by 睡眼惺忪的人 at 2017-02-15 09:59:17
A和·OH之间确实是有相互作用，现在的问题是反应物中·OH相对于A应如何放置？因为放置位置不同，反应物能量也不同，得到的能垒和反应热也有差异。是否应对A+·OH做优化以找到能量最低的反应物。还有请问您提到的扫 ...

有相互作用不见得表示一定存在一般的过渡态，很大程度上与放置无关。如果两个片段处于超出截断半径的范围，有可能优化出来的结构并不是一个很合理的结构。扫描你可以通过reaction preview tools建立一个轨迹，然后用DMol3作TS，search的方法用LST Maximum好了，看看LST走出的轨迹是什么样的。
赞一下(3人) 回复此楼
不一定挂在论坛，计算问题问题欢迎留言。
4楼2017-02-15 10:15:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 各位老师好，我的一志愿为北京科技大学085601材料专硕 +5 Koxui 2026-03-28 5/250 2026-03-28 22:08 by 运气yunqi
[考研] 22408 359分调剂 +4 Qshers 2026-03-27 5/250 2026-03-28 21:26 by zhq0425
[考研] 生物学学硕，一志愿湖南大学，初试成绩338 +6 YYYYYNNNNN 2026-03-26 7/350 2026-03-28 20:52 by 唐沐儿
[考研] 085602 化工专硕 338分 求调剂 +12 路痴小琪 2026-03-27 12/600 2026-03-28 15:41 by L135790
[考研] 320分，材料与化工专业，求调剂 +9 一定上岸aaa 2026-03-27 13/650 2026-03-28 15:00 by 神马都不懂
[考研] 一志愿南昌大学324求调剂 +7 hanamiko 2026-03-27 7/350 2026-03-28 09:56 by 李上岸0921
[考研] 266求调剂 +11 阳阳哇塞 2026-03-27 12/600 2026-03-27 17:56 by yu221
[考研] 333求调剂 +6 wfh030413@ 2026-03-23 6/300 2026-03-26 22:45 by 学员8dgXkO
[考研] 321求调剂 +6 Ymlll 2026-03-24 6/300 2026-03-26 20:50 by 不吃魚的貓
[考研] 【双一流院校新能源、环境材料，材料加工与模拟招收大量调剂】 +4 Higraduate 2026-03-22 8/400 2026-03-26 20:34 by Higraduate
[考研] 求调剂 +8 Auroracx 2026-03-22 8/400 2026-03-26 19:55 by 不吃魚的貓
[考研] 081700 调剂 267分 +11 迷人的哈哈 2026-03-23 11/550 2026-03-26 15:41 by zzll406
[考研] 打过很多竞赛，085406控制工程300分，求调剂 +3 askeladz 2026-03-26 3/150 2026-03-26 09:08 by 给你你注意休息
[考研] 材料专硕 335 分求调剂 +4 拒绝冷暴力 2026-03-25 4/200 2026-03-25 18:45 by haxia
[考研] 网络空间安全0839招调剂 +4 w320357296 2026-03-25 6/300 2026-03-25 17:59 by 255671
[考研] 296求调剂 +4 汪！？！ 2026-03-25 7/350 2026-03-25 16:41 by 汪！？！
[考研] 284求调剂 +15 Zhao anqi 2026-03-22 15/750 2026-03-25 12:51 by wht0531
[有机交流] 有机合成求助 20+3 FENGSHUJEI 2026-03-23 5/250 2026-03-24 19:31 by 88817753
[考博] 26申博自荐 +3 whh869393 2026-03-24 3/150 2026-03-24 09:55 by 21018060
[考研] 333求调剂 +3 ALULU4408 2026-03-23 3/150 2026-03-23 19:04 by macy2011
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭