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Dmol3寻找过渡态
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以A+·OH→B反应为例，反应物结构是A+·OH，我发现如果A和·OH放置的相对位置不同，计算所得的反应热和能垒就存在很大差异，那么在计算中，到底怎么处理两者之间的相对位置才能得到可靠的结果。 还有就是在搜索过渡态过程中，使用RMS convergence=0.002(fine精度)总是计算失败，而将此值增大为0.005时则能很快计算成功，到底为什么会这样，如何能在fine精度下计算成功呢?需要怎么样调整反应物构型？希望大家给出宝贵意见，谢谢 |
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3楼2017-02-15 09:59:17
卡开发发
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【答案】应助回帖
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蛋蛋小童鞋: 应助指数+1 2017-02-15 10:06:34
睡眼惺忪的人: 金币+50, ★★★★★最佳答案 2017-02-15 10:54:12
蛋蛋小童鞋: 应助指数+1 2017-02-15 10:06:34
睡眼惺忪的人: 金币+50, ★★★★★最佳答案 2017-02-15 10:54:12
| 如果A和·OH之间不是弱作用到成键作用的转换的话，A+·OH很有可能是找不出过渡态的，至少过渡态两端连接的是稳定的反应物和产物。整个过程不是很复杂，你可以通过扫描势能面检验之（可以自己生成一套这样的xtd轨迹，仅做LST看看）。要小心的是，两个片段可能放的超出截断半径的距离，这种情况基函数根本没有重叠，有可能会得不到正确的结果。 |
2楼2017-02-14 19:43:27
卡开发发
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4楼2017-02-15 10:15:41
5楼2017-02-15 10:53:46
