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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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睡眼惺忪的人

银虫 (小有名气)

[求助] Dmol3寻找过渡态

以A+·OH→B反应为例，反应物结构是A+·OH，我发现如果A和·OH放置的相对位置不同，计算所得的反应热和能垒就存在很大差异，那么在计算中，到底怎么处理两者之间的相对位置才能得到可靠的结果。
还有就是在搜索过渡态过程中，使用RMS convergence=0.002(fine精度)总是计算失败，而将此值增大为0.005时则能很快计算成功，到底为什么会这样，如何能在fine精度下计算成功呢?需要怎么样调整反应物构型？希望大家给出宝贵意见，谢谢
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1楼 2017-02-14 11:07:59
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睡眼惺忪的人

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 卡开发发 at 2017-02-15 10:15:41
有相互作用不见得表示一定存在一般的过渡态，很大程度上与放置无关。如果两个片段处于超出截断半径的范围，有可能优化出来的结构并不是一个很合理的结构。扫描你可以通过reaction preview tools建立一个轨迹，然后 ...

好的，谢谢您
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5楼2017-02-15 10:53:46
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur

【答案】应助回帖

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蛋蛋小童鞋: 应助指数+1 2017-02-15 10:06:34
睡眼惺忪的人: 金币+50, ★★★★★最佳答案 2017-02-15 10:54:12
如果A和·OH之间不是弱作用到成键作用的转换的话，A+·OH很有可能是找不出过渡态的，至少过渡态两端连接的是稳定的反应物和产物。整个过程不是很复杂，你可以通过扫描势能面检验之（可以自己生成一套这样的xtd轨迹，仅做LST看看）。要小心的是，两个片段可能放的超出截断半径的距离，这种情况基函数根本没有重叠，有可能会得不到正确的结果。
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不一定挂在论坛，计算问题问题欢迎留言。
2楼2017-02-14 19:43:27
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睡眼惺忪的人

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 卡开发发 at 2017-02-14 19:43:27
如果A和·OH之间不是弱作用到成键作用的转换的话，A+·OH很有可能是找不出过渡态的，至少过渡态两端连接的是稳定的反应物和产物。整个过程不是很复杂，你可以通过扫描势能面检验之（可以自己生成一套这样的xtd轨迹， ...

A和·OH之间确实是有相互作用，现在的问题是反应物中·OH相对于A应如何放置？因为放置位置不同，反应物能量也不同，得到的能垒和反应热也有差异。是否应对A+·OH做优化以找到能量最低的反应物。还有请问您提到的扫描势能面该怎么操作呢？谢谢您~
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3楼2017-02-15 09:59:17
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
引用回帖:
3楼: Originally posted by 睡眼惺忪的人 at 2017-02-15 09:59:17
A和·OH之间确实是有相互作用，现在的问题是反应物中·OH相对于A应如何放置？因为放置位置不同，反应物能量也不同，得到的能垒和反应热也有差异。是否应对A+·OH做优化以找到能量最低的反应物。还有请问您提到的扫 ...

有相互作用不见得表示一定存在一般的过渡态，很大程度上与放置无关。如果两个片段处于超出截断半径的范围，有可能优化出来的结构并不是一个很合理的结构。扫描你可以通过reaction preview tools建立一个轨迹，然后用DMol3作TS，search的方法用LST Maximum好了，看看LST走出的轨迹是什么样的。
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不一定挂在论坛，计算问题问题欢迎留言。
4楼2017-02-15 10:15:41
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