| 查看: 2260 | 回复: 8 | ||||
[求助]
Dmol3寻找过渡态
|
|
以A+·OH→B反应为例，反应物结构是A+·OH，我发现如果A和·OH放置的相对位置不同，计算所得的反应热和能垒就存在很大差异，那么在计算中，到底怎么处理两者之间的相对位置才能得到可靠的结果。 还有就是在搜索过渡态过程中，使用RMS convergence=0.002(fine精度)总是计算失败，而将此值增大为0.005时则能很快计算成功，到底为什么会这样，如何能在fine精度下计算成功呢?需要怎么样调整反应物构型？希望大家给出宝贵意见，谢谢 |
回复此楼» 猜你喜欢
国自然评审意见
已经有7人回复
-
系统查不到
已经有11人回复
-
有多少人是今天查系统知道结果的？
已经有18人回复
-
为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难
已经有12人回复
-
有没有仍没收到信息的
已经有3人回复
-
导师吐槽：我怎么摊上了这么个极品研究生！
已经有8人回复
-
基金不中，共勉
已经有11人回复
-
麻烦专家们看看评委们的意见（F口面上）
已经有9人回复
-
2026年叶企孙基金
已经有6人回复
-
国自然面上复盘~欢迎讨论
已经有13人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- Dmol3搜寻过渡态问题，preview灰色 没办法点击
已经有6人回复
- 使用DMol3寻找过渡态，初态能量与结构优化的能量为什么差距很大
已经有0人回复
- DMol3寻找过渡态有点慢啊。。。E3V2四核八线程算个18原子的，都两天了还没搞定
已经有7人回复
- 怎么寻找中间态（不是过渡态）
已经有0人回复
- dmol3优化时smearing值的大小对搜寻过渡态有影响吗
已经有0人回复
- DMol3 中文教程
已经有4人回复
- Dmol3寻找过渡态发生错误
已经有1人回复
- 【求助】DMOL3 寻找有机小分子催化过渡态可靠吗？
已经有0人回复
卡开发发
专家顾问 (著名写手)
Ab Initio Amateur
-
专家经验: +224 - 1ST强帖: 2
- 应助: 47 (小学生)
- 金币: 3567.8
- 散金: 14
- 红花: 223
- 帖子: 2477
- 在线: 1254小时
- 虫号: 1369423
- 注册: 2011-08-16
- 性别: GG
- 专业: 金属材料的磨损与磨蚀
- 管辖: 第一性原理
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
蛋蛋小童鞋: 应助指数+1 2017-02-15 10:06:34
睡眼惺忪的人: 金币+50, ★★★★★最佳答案 2017-02-15 10:54:12
蛋蛋小童鞋: 应助指数+1 2017-02-15 10:06:34
睡眼惺忪的人: 金币+50, ★★★★★最佳答案 2017-02-15 10:54:12
| 如果A和·OH之间不是弱作用到成键作用的转换的话，A+·OH很有可能是找不出过渡态的，至少过渡态两端连接的是稳定的反应物和产物。整个过程不是很复杂，你可以通过扫描势能面检验之（可以自己生成一套这样的xtd轨迹，仅做LST看看）。要小心的是，两个片段可能放的超出截断半径的距离，这种情况基函数根本没有重叠，有可能会得不到正确的结果。 |
2楼2017-02-14 19:43:27
3楼2017-02-15 09:59:17
卡开发发
专家顾问 (著名写手)
Ab Initio Amateur
-
专家经验: +224 - 1ST强帖: 2
- 应助: 47 (小学生)
- 金币: 3567.8
- 散金: 14
- 红花: 223
- 帖子: 2477
- 在线: 1254小时
- 虫号: 1369423
- 注册: 2011-08-16
- 性别: GG
- 专业: 金属材料的磨损与磨蚀
- 管辖: 第一性原理
4楼2017-02-15 10:15:41
5楼2017-02-15 10:53:46
6楼2017-10-28 15:15:39
7楼2017-12-22 10:43:42
283208234
木虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 2133.6
- 散金: 1
- 红花: 1
- 帖子: 226
- 在线: 198.9小时
- 虫号: 646878
- 注册: 2008-11-05
- 性别: GG
- 专业: 材料物理化学
8楼2017-12-23 22:22:33
9楼2017-12-28 16:11:07
投票:
10