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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 请大家看看这个DNA在胶孔里的情况
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areslhr

铁虫 (小有名气)

[交流] 请大家看看这个DNA在胶孔里的情况 已有7人参与

目标DNA   13000bp左右，marker为10KB，跑了将近两个小时也跑不出来。胶和机器都没有问题。

请大家看看这个DNA在胶孔里的情况


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Stop and stare
1楼 2016-04-18 18:46:57
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

emosgaogao

金虫 (小有名气)
★
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第一：重复跑胶排除是否是跑胶的问题，加一个阳性对照，以前的PCR产物之类的
第二：同样的模板，用不同的引物扩增，排除是否是模板的问题，对照可以是actin之类的内参
第三：重复整个流程，是否是提取核酸的步骤有问题，引入了蛋白之类的杂质
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忍得住诱惑，耐得住寂寞
8楼2016-04-20 15:31:33
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kaobo2012

木虫 (正式写手)
★
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样品里有蛋白质吗？会不会是跟蛋白结合在一起，跑不动。
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2楼2016-04-18 20:54:16
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areslhr

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by kaobo2012 at 2016-04-18 20:54:16
样品里有蛋白质吗？会不会是跟蛋白结合在一起，跑不动。

看了其他一些帖子，我考虑了这个。但是蛋白质从哪里来的呢？因为用其他的引物，就没有这个问题

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Stop and stare
3楼2016-04-18 21:45:50
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梅太奇阿拉干

木虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
那引物有没有污染呢？作个阴性对照试试？

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4楼2016-04-18 22:13:01
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areslhr

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 梅太奇阿拉干 at 2016-04-18 22:13:01
那引物有没有污染呢？作个阴性对照试试？

这个可能极小，长pcr的引物平时基本不用。   不知道有没有什么办法验证这是不是PCR产物。

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Stop and stare
5楼2016-04-18 22:47:36
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fjtony163

版主 (文坛精英)

米米

优秀版主优秀版主优秀版主优秀版主优秀版主
★
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引用回帖:
5楼: Originally posted by areslhr at 2016-04-18 22:47:36
这个可能极小，长pcr的引物平时基本不用。   不知道有没有什么办法验证这是不是PCR产物。
...

用酶切一下就知道了

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6楼2016-04-19 10:51:01
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雨儿天0320

铜虫 (正式写手)
★
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引用回帖:
3楼: Originally posted by areslhr at 2016-04-18 21:45:50
看了其他一些帖子，我考虑了这个。但是蛋白质从哪里来的呢？因为用其他的引物，就没有这个问题
...

那会不会是这对引物的问题，我们之前也遇到过这样的情况，也是换了引物就跑出来了
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7楼2016-04-19 15:41:56
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菜头Q

铜虫 (初入文坛)
★
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我也遇到过类似的情况，提供几个建议你看下：
1. 调整胶的浓度，你的片段比较大，试试0.8%或者更低。
2. 使用现配的电泳液。
3. 提取产物用纯化试剂盒纯化一下，尽量出去蛋白质残留。
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9楼2016-04-21 15:38:11
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菜头Q

铜虫 (初入文坛)
★
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还有一个就是降低模板浓度，你可以试试10^2~6稀释
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10楼2016-04-21 15:41:21
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