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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 关于qRT-PCR引物的设计
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zfy535251

新虫 (小有名气)

[求助] 关于qRT-PCR引物的设计 已有2人参与

各位师兄师姐，我现在想要设计qRT-PCR引物，说是引物最好要跨两个外显子，那么问题来了，该怎么预测一段序列的外显子及内含子呢？查了一天都没查到合适黄瓜预测的网站，各位有知道的么

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1楼 2016-04-07 16:35:23
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zfy535251

新虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by gnot_nail at 2016-04-09 16:09:02
分别下载基因的cds序列cdna序列…然后在根据cds设计引物，这时会有一个产物大小，然后你在把你的引物在cdna序列里查找 就能知道在cdna里的片段大小，只要cdna里的大小大于在cds里的片段长度，就跨了…一个vector nt ...

cds序列应该就是ncbi里直接查出来的序列吧，cdna序列要在哪里下载呢

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8楼2016-04-09 18:34:15
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
softberry上的FGENESH工具可以预测真核生物基因组序列中的外显子、内含子。http://linux1.softberry.com/berr ... ;amp;subgroup=gfind
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2楼2016-04-07 18:54:23
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

参考基因组选择cucumis melo
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3楼2016-04-07 18:57:14
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zfy535251

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by stone2239 at 2016-04-07 18:57:14
参考基因组选择cucumis melo

嗯嗯，谢谢，下课我试一下，不过有人说也可以看ncbi里的CDS信息，这个可以吗

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4楼2016-04-08 08:13:16
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