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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 关于qRT-PCR引物的设计
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zfy535251

新虫 (小有名气)

[求助] 关于qRT-PCR引物的设计 已有2人参与

各位师兄师姐，我现在想要设计qRT-PCR引物，说是引物最好要跨两个外显子，那么问题来了，该怎么预测一段序列的外显子及内含子呢？查了一天都没查到合适黄瓜预测的网站，各位有知道的么

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1楼 2016-04-07 16:35:23
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
softberry上的FGENESH工具可以预测真核生物基因组序列中的外显子、内含子。http://linux1.softberry.com/berr ... ;amp;subgroup=gfind
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2楼2016-04-07 18:54:23
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

参考基因组选择cucumis melo
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3楼2016-04-07 18:57:14
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zfy535251

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by stone2239 at 2016-04-07 18:57:14
参考基因组选择cucumis melo

嗯嗯，谢谢，下课我试一下，不过有人说也可以看ncbi里的CDS信息，这个可以吗

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4楼2016-04-08 08:13:16
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by zfy535251 at 2016-04-08 08:13:16
嗯嗯，谢谢，下课我试一下，不过有人说也可以看ncbi里的CDS信息，这个可以吗
...

查到CDS序列信息，再借助软件或在线工具将其与基因组序列比较也可以区分出外显子和内含子区域，但不如我给你的这个好用。
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5楼2016-04-08 15:35:22
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zfy535251

新虫 (小有名气)
好的好的，谢谢

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6楼2016-04-08 23:40:31
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gnot_nail

金虫 (正式写手)
分别下载基因的cds序列cdna序列…然后在根据cds设计引物，这时会有一个产物大小，然后你在把你的引物在cdna序列里查找 就能知道在cdna里的片段大小，只要cdna里的大小大于在cds里的片段长度，就跨了…一个vector nti就能搞定

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7楼2016-04-09 16:09:02
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zfy535251

新虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by gnot_nail at 2016-04-09 16:09:02
分别下载基因的cds序列cdna序列…然后在根据cds设计引物，这时会有一个产物大小，然后你在把你的引物在cdna序列里查找 就能知道在cdna里的片段大小，只要cdna里的大小大于在cds里的片段长度，就跨了…一个vector nt ...

cds序列应该就是ncbi里直接查出来的序列吧，cdna序列要在哪里下载呢

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8楼2016-04-09 18:34:15
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gnot_nail

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
引用回帖:
8楼: Originally posted by zfy535251 at 2016-04-09 18:34:15
cds序列应该就是ncbi里直接查出来的序列吧，cdna序列要在哪里下载呢
...

ncbi上应该也有……看你研究啥物种 有的物种有自己专门的数据网站

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9楼2016-04-09 19:00:53
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_晚客

银虫 (小有名气)
根据你的序列设计就好了，注意产物前段与其他基因同源性不要太高就可以了

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10楼2016-04-09 19:05:14
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