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zfy535251

新虫 (小有名气)

[求助] 关于qRT-PCR引物的设计 已有2人参与

各位师兄师姐,我现在想要设计qRT-PCR引物,说是引物最好要跨两个外显子,那么问题来了,该怎么预测一段序列的外显子及内含子呢?查了一天都没查到合适黄瓜预测的网站,各位有知道的么

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gnot_nail

金虫 (正式写手)

分别下载基因的cds序列cdna序列…然后在根据cds设计引物,这时会有一个产物大小,然后你在把你的引物在cdna序列里查找 就能知道在cdna里的片段大小,只要cdna里的大小大于在cds里的片段长度,就跨了…一个vector nti就能搞定

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7楼2016-04-09 16:09:02
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
softberry上的FGENESH工具可以预测真核生物基因组序列中的外显子、内含子。http://linux1.softberry.com/berr ... ;amp;subgroup=gfind
2楼2016-04-07 18:54:23
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

参考基因组选择cucumis melo
3楼2016-04-07 18:57:14
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zfy535251

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by stone2239 at 2016-04-07 18:57:14
参考基因组选择cucumis melo

嗯嗯,谢谢,下课我试一下,不过有人说也可以看ncbi里的CDS信息,这个可以吗

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4楼2016-04-08 08:13:16
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