24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 2701  |  回复: 11

若无敌12138

银虫 (正式写手)

[求助] CDS序列扩增条带暗,求解,急!急!急!! 已有2人参与

最近在做基因表达,扩CDS全长, 片段900左右,从CDS序列头尾上设计的引物,用基因组不保险,所以用的Q5高保真酶扩的cDNA,但条带一直都一直不是很亮,RNA反转录成cDNA这一步没问题,都测过浓度的,并且cDNA稀释了50倍扩的。后面要做片段融合,试过切胶回收,PCR产物直接回收浓度都非常低,没法做下一步,怎么破?CDS的GC含量不高,51%,引物Tm值相差大概3度,GC没问题,见下图左边较暗的4条带

1.确定cDNA没问题
2.酶没问题
3.引物的话,是头尾确定的吧

如果是体系的话,退火温度已经调到很低了,从65,63,60都试过,条带也不亮,切胶基本没有,AXYGEN、QUIGEN的都用过,不纯化吧,对后续实验可能会有影响,有人碰到类似的情况吗??

CDS序列扩增条带暗,求解,急!急!急!!
P60321-222820.jpg
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

zhijiangli

金虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 若无敌12138 at 2016-03-23 12:57:28
PCR产物为模板的话,是不是也得稀释一下??那里面杂质会有影响吗?...

我是直接用的pcr产物 ,因为模板就很模糊,所以浓度不高,直接用就行。如果pcr产物浓度高的话最好稀释一下。
缘分这东西O(∩_∩)O~
6楼2016-03-23 13:10:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

卡维斯

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
若无敌12138: 金币+3, 有帮助 2016-03-23 12:57:54
增加下模板浓度,稀释到10倍。程序上尝试下touchdown程序
2楼2016-03-23 11:31:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

zhijiangli

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
若无敌12138: 金币+3 2016-03-23 12:58:06
用pcr产物为模板扩增,循环数降低10-15个。试试
缘分这东西O(∩_∩)O~
3楼2016-03-23 11:38:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

若无敌12138

银虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 卡维斯 at 2016-03-23 11:31:04
增加下模板浓度,稀释到10倍。程序上尝试下touchdown程序

谢谢建议,最先用的就是touchdown,从65,63到62 30s,从62,60到58 30s也试过,总共30个循环,更暗,后来一次性退火,还亮一点点,并不是非特异性扩增的问题
4楼2016-03-23 12:56:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

若无敌12138

银虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by zhijiangli at 2016-03-23 11:38:14
用pcr产物为模板扩增,循环数降低10-15个。试试

PCR产物为模板的话,是不是也得稀释一下??那里面杂质会有影响吗?
5楼2016-03-23 12:57:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mlxmiao

木虫 (著名写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 若无敌12138 at 2016-03-23 12:57:28
PCR产物为模板的话,是不是也得稀释一下??那里面杂质会有影响吗?...

胶回收产物当模板哪?

发自小木虫Android客户端
7楼2016-03-24 18:49:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

maixiaodaou

新虫 (小有名气)

模板浓度可能有些低,或许是该基因的表达量低,同等浓度的模板,不同基因做PCR最终量不同,电泳条带亮度不同

发自小木虫Android客户端
8楼2016-03-25 00:30:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

geneyhh

金虫 (正式写手)

我遇到这种情况会最三管pcr,共150ul,然后一起回收,得到的会多一些目的产物,不影响后面的连接。

发自小木虫Android客户端
9楼2016-03-25 17:34:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

若无敌12138

银虫 (正式写手)

引用回帖:
9楼: Originally posted by geneyhh at 2016-03-25 17:34:07
我遇到这种情况会最三管pcr,共150ul,然后一起回收,得到的会多一些目的产物,不影响后面的连接。

谢谢,已经做出来了,二次PCR的
10楼2016-03-25 18:36:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 若无敌12138 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] [调剂信息]085408光电信息 求调剂 总分291分数一英一 +3 iz11az 2026-04-02 3/150 2026-04-04 19:09 by 蓝云思雨
[考研] 288求调剂,一志愿华南理工大学071005 +3 ioodiiij 2026-04-04 3/150 2026-04-04 18:46 by gwyan3410
[考研] 一志愿华南师范361分,化学求调剂 +7 Nicole88888 2026-04-01 7/350 2026-04-04 18:28 by macy2011
[考研] 309求调剂 +4 快乐的小白鸽 2026-04-04 5/250 2026-04-04 15:55 by cql1109
[考研] 一志愿北交大材料工程总分358 +6 cs0106 2026-04-03 6/300 2026-04-04 11:20 by w_xuqing
[考研] 320分人工智能调剂 +6 振—TZ 2026-04-03 6/300 2026-04-04 01:05 by Dream007008
[考研] 求材料调剂,一志愿郑州大学289分 +15 硕星赴 2026-04-03 15/750 2026-04-04 01:01 by userper
[考研] 考研调剂 +5 小sun要好运 2026-04-03 5/250 2026-04-03 21:43 by 啵啵啵0119
[考研] 化工调剂303分,过四级 +28 栖梧待风 2026-04-02 28/1400 2026-04-03 21:40 by qlm5820
[考研] 材料专硕调剂 +18 椰椰。 2026-03-29 18/900 2026-04-03 16:45 by 玲玲0606
[考研] 312求调剂 +4 赊月色 2026-04-02 5/250 2026-04-03 08:21 by fangshan711
[考研] 312求调剂 +6 小小墨123 2026-04-02 7/350 2026-04-03 07:32 by jsw79
[考研] 296求调剂 +4 sdhu 2026-04-02 4/200 2026-04-02 21:29 by baoball
[考研] 0856材料与化工调剂,339 +14 10213207 2026-03-31 14/700 2026-04-02 21:01 by 1104338198
[考研] 农学考研求调剂 +3 dkdkxm 2026-04-01 3/150 2026-04-02 16:04 by wangjagri
[考研] 284求调剂 +12 小熊~~ 2026-03-31 12/600 2026-04-01 20:23 by 花??
[考研] 08工科,295,接受跨专业调剂 +6 lmnlzy 2026-03-31 6/300 2026-04-01 11:02 by 逆水乘风
[考研] 326求调剂 +4 崽崽仔 2026-03-31 4/200 2026-04-01 09:58 by 我的船我的海
[考研] 080200学硕,机械工程专业277分,求带走! +4 瓶子PZ 2026-03-31 4/200 2026-03-31 20:16 by vgtyfty
[考研] 313求调剂 +6 卖个关子吧 2026-03-31 6/300 2026-03-31 10:58 by Jaylen.
信息提示
请填处理意见