HarutyunSahakyanImprovingvirtualscreeningresultswithMM/GBSAandMM/PBSArescoringJournalofComputer-AidedMolecularDesign202135,pages731–736...

8焓变计算8.1实验数据分析及检索8.2MM/PBSA结合自由能计算原理8.3GB模型讲解及分类8.4焓变输入文件的编写焓变结果解读9熵变计算9.1Nmode计算熵变原理9.2熵变输入文件的编写9.3焓变结果解读...

FromtheMDdatayouneedtocalculatethefreeenergyofbinding(viaMM-PBSA,MM-GBSA)

TingjunHouinfo'.1.'][info2]AssessingtheperformanceoftheMM/PBSAandMM/GBSAmethods.6.Capabilitytopredictprotein–proteinbindingfreeenergiesandre-rankbinding...

求助各位大神，在GROMACS/MM-PBSA中计算SA时，SASA模型与SAV模型的区别是什么？

[info2]AssessingtheperformanceoftheMM/PBSAandMM/GBSAmethods.6.Capabilitytopredictprotein–proteinbindingfreeenergiesandre-rankbindingposesgeneratedby...

[info1]MarkusKinfo'.1.'][info2]Qm/Mm-PbsaMethodtoEstimateFreeEnergiesforReactionsinProteins.info'.2.'][info3]JournalofPhysicalChemistryBinfo'.3.'][info4]...

各位过路大神：菜鸟前来求助MM-PBSA，具体情况：底物和蛋白共价结合，且含有一个关键水分子，利用教程生成了non-standardresidue的参数文件，跑完MD，最后卡死在MM-PBSA计算上了，我的处理...

AngiotensinIIbyMM-PBSAcalculationandsteeredmoleculardynamicssimulationinfo'.2.'][info3]JournalofBiomolecularStructureandDynamicsinfo'.3.'][info4]2015info'.4...

我查到文献上用MM/PBSA的方法计算bindingenergy以此判断亲和力的大小，请问这个方法是目前为止最好的方法吗？是否有更好的方法？以上软件哪个可以使用这种方法？谢谢大家！

theophyllinebindingtoanRNAaptamer:MM-PBSAandcomparisonofthermodynamicintegrationmethodsinfo'.2.'][info3]BIOPOLYMERSinfo'.3.'][info4]2003info'.4.'][info5]卷:68...

小辈按照Amber官网上面的教程学习MM-PBSA，但是一开始我就进行不下去啦！我用命令：tleap-foldff/leaprc.ff99SBsourceleaprc.gaffcom=loadpdbras-raf.pdbras=loadpdbras.pdbraf=loadpdbraf....

本人使用Gromacs4.5.5版本进行的MD，然后用Amber软件的MM-PBSA计算小分子-蛋白复合物的结合自由能。但是现在我导师要求我计算一下残基的能量分解！可是我不会啊！也不懂去哪找教程。看到虫...

[info2]结合虚拟筛选、分子动力学以及MM-PBSA方法对昆虫β-N-乙酰己糖胺酶的新型潜在抑制剂的研究info'.2.'][info3]西北大学info'.3.'][info4]2013info'.4.'][info5]1-1info'.5.']

energiesusingMM-PBSAandMM-GBSAinfo'.2.'][info3]JComputChem.2010Mar;31(4):797-810.doi:10.1002/jcc.21372.info'.3.'][info4]JComputChem.2010Mar;31(4):797-810.doi:10....

大家好，由于我是DS的新手，现在想运用DS来运行MM-PBSA从而计算结合能，所以希望指点DS运行MM-PBSA的基本操作，我的金币不多，希望大家不吝赐教

Houinfo'.1.'][info2]AssessingtheperformanceofMM/PBSAandMM/GBSAmethods.4.AccuraciesofMM/PBSAandMM/GBSAmethodologiesevaluatedbyvarioussimulationprotocolsusing...

Tingjun)info'.1.'][info2]AssessingtheperformanceofMM/PBSAandMM/GBSAmethods.5.ImproveddockingperformanceusinghighsolutedielectricconstantMM/GBSAandMM/PBSA...

我在算一个蛋白质和小分子配体的结合能，用amber的mm_pbsa.pl,输入文件如下，为什么算出来的结果△ele项为0？GENERALVERBOSE0PARALLEL0#PREFIXwatPATH./START1STOP100OFFSET1#COMPLEX1...

出现下面的代码。有没有做过的朋友啊，求救badatomtype:cl/home/amber12/bin/sander-O-i...'http://ambermd.org/Questions/mm_pbsa.html#mmgbsas_command_not_successful'

当我做到这一步时：$AMBERHOME/bin/mm_pbsa.plextract_coords.mmpbsaextract_coords.log，出现了下面的出错信息：Useofuninitializedvalueinconcatenation(.)orstringat/usr/local/amber10/...

鄙人本科生,马上那个大三了,假期跟着老师做课题,前几天老师让我MM-PBSA搞明白的这东西,我也查了好多资料,总感觉没有什么特别有用的,想请教各位虫友,这是个什么东西?

各位前辈：小弟按照Amber官网教程完整学习完MM-PBSA，并将自己的复合物做了遍MM-PBSA，过程较为顺利。不过其中有很多不解的地方还希望和大家探讨学习，问题有点多，希望各位前辈见谅哈！1、...

在DS中，用MM-PBSA计算结合能时出现这样的错误是什么意思？error.JPG