24小时热门版块排行榜    

查看: 2244  |  回复: 6

叮叮咣当

新虫 (初入文坛)

[求助] 求助MM-PBSA,MM-GBSA在desmond中操作过程

From the MD data you need to calculate the free energy of binding (via MM-PBSA, MM-GBSA)

发自小木虫Android客户端
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hclwonder

新虫 (正式写手)

如果你有schrodinger的话,可以做。如果只有desmond的话,不确定。

发自小木虫Android客户端
2楼2018-04-04 17:52:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

叮叮咣当

新虫 (初入文坛)

有schrodinger,请问您是怎么做呀

发自小木虫Android客户端
3楼2018-04-05 10:00:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

叮叮咣当

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by hclwonder at 2018-04-04 17:52:35
如果你有schrodinger的话,可以做。如果只有desmond的话,不确定。

有schrodinger,请问您是怎么做呀

发自小木虫Android客户端
4楼2018-04-05 10:00:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hclwonder

新虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 叮叮咣当 at 2018-04-05 10:00:48
有schrodinger,请问您是怎么做呀
...

schrodinger的prime模块有个mmgbsa功能。不过只能一帧一帧地算。如果想要算分子动力学轨迹中的好多帧,需要用一个script,schrodinger也有,我以前查过,不过没试过。

发自小木虫Android客户端
5楼2018-04-05 11:14:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

叮叮咣当

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by hclwonder at 2018-04-05 11:14:55
schrodinger的prime模块有个mmgbsa功能。不过只能一帧一帧地算。如果想要算分子动力学轨迹中的好多帧,需要用一个script,schrodinger也有,我以前查过,不过没试过。
...

多谢多谢,可以麻烦您说具体一点吗,复合物怎么处理,以及参数如何设置

发自小木虫Android客户端
6楼2018-04-09 11:30:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hclwonder

新虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 叮叮咣当 at 2018-04-09 11:30:55
多谢多谢,可以麻烦您说具体一点吗,复合物怎么处理,以及参数如何设置
...

那个script叫做Thermal MMGBSA。具体的自己查下吧。

发自小木虫Android客户端
7楼2018-04-10 20:11:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 叮叮咣当 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 Aj1rhIDL5ixY 2026-09-14 3/150 2026-09-15 19:59 by CgyNCDVNhGVg
[考研] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 0pYnUiPDfdnk 2026-09-14 3/150 2026-09-15 19:35 by CgyNCDVNhGVg
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +6 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 7/350 2026-09-15 16:47 by CgyNCDVNhGVg
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 4/200 2026-09-15 16:15 by CgyNCDVNhGVg
[硕博家园] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +5 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 5/250 2026-09-15 15:14 by CgyNCDVNhGVg
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 5/250 2026-09-15 14:58 by CgyNCDVNhGVg
[硕博家园] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 4/200 2026-09-15 14:34 by VMDqgnlKimtZ
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 4/200 2026-09-15 14:14 by VMDqgnlKimtZ
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 23jxep3nCNZb 2026-09-14 3/150 2026-09-15 09:38 by VMDqgnlKimtZ
[教师之家] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 3/150 2026-09-15 08:26 by C79jjtjAKjEn
[考博] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 3/150 2026-09-15 07:58 by C79jjtjAKjEn
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 4/200 2026-09-15 07:50 by C79jjtjAKjEn
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 5/250 2026-09-15 06:49 by 5BDX0d0WFp7t
[博后之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +6 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 6/300 2026-09-15 05:50 by 5BDX0d0WFp7t
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +6 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 6/300 2026-09-15 05:38 by 5BDX0d0WFp7t
[博后之家] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 4/200 2026-09-14 23:24 by vZfe6xYu34yj
[公派出国] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 6/300 2026-09-14 22:37 by vZfe6xYu34yj
[博后之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 4/200 2026-09-14 21:37 by vZfe6xYu34yj
[考博] 西北工业大学材料学院电化学传感与催化课题组招收2027年推免研究生、博士生、博士后 +3 马方园 2026-09-10 4/200 2026-09-14 09:29 by Chem张zz
[教师之家] 浙江师范大学是怎么坑我的 +10 recruit123 2026-09-09 15/750 2026-09-13 10:45 by seaskyy
信息提示
请填处理意见