24小时热门版块排行榜    

查看: 2229  |  回复: 6

叮叮咣当

新虫 (初入文坛)

[求助] 求助MM-PBSA,MM-GBSA在desmond中操作过程

From the MD data you need to calculate the free energy of binding (via MM-PBSA, MM-GBSA)

发自小木虫Android客户端
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hclwonder

新虫 (正式写手)

如果你有schrodinger的话,可以做。如果只有desmond的话,不确定。

发自小木虫Android客户端
2楼2018-04-04 17:52:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

叮叮咣当

新虫 (初入文坛)

有schrodinger,请问您是怎么做呀

发自小木虫Android客户端
3楼2018-04-05 10:00:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

叮叮咣当

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by hclwonder at 2018-04-04 17:52:35
如果你有schrodinger的话,可以做。如果只有desmond的话,不确定。

有schrodinger,请问您是怎么做呀

发自小木虫Android客户端
4楼2018-04-05 10:00:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hclwonder

新虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 叮叮咣当 at 2018-04-05 10:00:48
有schrodinger,请问您是怎么做呀
...

schrodinger的prime模块有个mmgbsa功能。不过只能一帧一帧地算。如果想要算分子动力学轨迹中的好多帧,需要用一个script,schrodinger也有,我以前查过,不过没试过。

发自小木虫Android客户端
5楼2018-04-05 11:14:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

叮叮咣当

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by hclwonder at 2018-04-05 11:14:55
schrodinger的prime模块有个mmgbsa功能。不过只能一帧一帧地算。如果想要算分子动力学轨迹中的好多帧,需要用一个script,schrodinger也有,我以前查过,不过没试过。
...

多谢多谢,可以麻烦您说具体一点吗,复合物怎么处理,以及参数如何设置

发自小木虫Android客户端
6楼2018-04-09 11:30:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hclwonder

新虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 叮叮咣当 at 2018-04-09 11:30:55
多谢多谢,可以麻烦您说具体一点吗,复合物怎么处理,以及参数如何设置
...

那个script叫做Thermal MMGBSA。具体的自己查下吧。

发自小木虫Android客户端
7楼2018-04-10 20:11:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 叮叮咣当 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 2026年8月25日国自然放榜前突然收到列入评审专家邮件,有关系吗? +20 木水思豆 2026-08-25 23/1150 2026-08-26 06:35 by echo8914667
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 7K1CJE38xLG4 2026-08-25 4/200 2026-08-26 02:04 by cNXvBfCpiZOM
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 7K1CJE38xLG4 2026-08-25 4/200 2026-08-26 02:04 by cNXvBfCpiZOM
[基金申请] 今天务委会开完了,明天出结果吗 +18 angus9576 2026-08-25 22/1100 2026-08-26 00:41 by merchancy
[基金申请] 明天应该可查了!? +6 chengyan1220 2026-08-23 6/300 2026-08-25 19:45 by zfd97
[基金申请] 有没有大神帮我看看基金代码 28+4 1234567wang 2026-08-24 10/500 2026-08-25 19:15 by lfy8008
[基金申请] 放榜前的不淡定 20+4 snowwithsea 2026-08-19 19/950 2026-08-25 17:57 by chick875
[基金申请] 某些机构,以效率低为荣,以效率低作为存在感 +9 yuleib84 2026-08-25 10/500 2026-08-25 17:14 by alexon
[基金申请] 今日不放榜?网传国自然预计 8 月 27 日可查结果 +17 医学老男孩 2026-08-20 22/1100 2026-08-25 15:36 by 医学老男孩
[基金申请] 如果此刻你正在为国基感到焦虑,不妨来听听这首《基金之外》 +8 scalable 2026-08-24 8/400 2026-08-25 12:52 by jnhyjjm
[教师之家] 导师吐槽:我怎么摊上了这么个极品研究生! +3 苏东坡二世 2026-08-23 3/150 2026-08-25 10:35 by shisan1313
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +5 process2012 2026-08-23 7/350 2026-08-25 09:42 by huixian257
[基金申请] 今天基金会出结果吗?20260819 +17 kkkl_v 2026-08-19 18/900 2026-08-25 09:41 by windflowerwy
[基金申请] 我面上完蛋了 +13 且听虎啸 2026-08-20 14/700 2026-08-25 09:10 by mrkang
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +7 炎黄贵胄 2026-08-22 8/400 2026-08-25 08:48 by ZJTJZ
[基金申请] filecode,4个jtjc了 +14 ziyangfang 2026-08-19 17/850 2026-08-24 18:37 by 哈哈蛤?
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +13 kulium 2026-08-21 16/800 2026-08-24 16:27 by superceng
[教师之家] 跳槽后在研项目怎么办? +5 简单化xn 2026-08-22 10/500 2026-08-23 12:38 by 简单化xn
[基金申请] 时间戳今天,20号变了 +5 archvillain 2026-08-20 5/250 2026-08-22 06:12 by hui_daxiao
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9 yuleib84 2026-08-19 11/550 2026-08-21 10:06 by gltch
信息提示
请填处理意见