应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 求助MM-PBSA,MM-GBSA在desmond中操作过程
71/1返回列表
查看: 2317  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

叮叮咣当

新虫 (初入文坛)

[求助] 求助MM-PBSA,MM-GBSA在desmond中操作过程

From the MD data you need to calculate the free energy of binding (via MM-PBSA, MM-GBSA)

发自小木虫Android客户端
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2018-04-04 16:39:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hclwonder

新虫 (正式写手)
如果你有schrodinger的话，可以做。如果只有desmond的话，不确定。

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
2楼2018-04-04 17:52:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

叮叮咣当

新虫 (初入文坛)
有schrodinger，请问您是怎么做呀

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
3楼2018-04-05 10:00:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

叮叮咣当

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by hclwonder at 2018-04-04 17:52:35
如果你有schrodinger的话，可以做。如果只有desmond的话，不确定。

有schrodinger，请问您是怎么做呀

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
4楼2018-04-05 10:00:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hclwonder

新虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 叮叮咣当 at 2018-04-05 10:00:48
有schrodinger，请问您是怎么做呀
...

schrodinger的prime模块有个mmgbsa功能。不过只能一帧一帧地算。如果想要算分子动力学轨迹中的好多帧，需要用一个script，schrodinger也有，我以前查过，不过没试过。

发自小木虫Android客户端
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2018-04-05 11:14:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

叮叮咣当

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by hclwonder at 2018-04-05 11:14:55
schrodinger的prime模块有个mmgbsa功能。不过只能一帧一帧地算。如果想要算分子动力学轨迹中的好多帧，需要用一个script，schrodinger也有，我以前查过，不过没试过。
...

多谢多谢，可以麻烦您说具体一点吗，复合物怎么处理，以及参数如何设置

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
6楼2018-04-09 11:30:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hclwonder

新虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 叮叮咣当 at 2018-04-09 11:30:55
多谢多谢，可以麻烦您说具体一点吗，复合物怎么处理，以及参数如何设置
...

那个script叫做Thermal MMGBSA。具体的自己查下吧。

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
7楼2018-04-10 20:11:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 叮叮咣当 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 1Nb0IVlmV6v0 2026-11-11 4/200 2026-11-13 11:18 by Equinoxhua
[考博] 博士申请 +4 z_l_l_666 2026-11-06 4/200 2026-11-13 06:19 by wlf1982
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 Z7qfCsdIiD1T 2026-11-10 5/250 2026-11-12 11:25 by HajghKOMynmz
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +5 Z7qfCsdIiD1T 2026-11-10 8/400 2026-11-12 11:22 by HajghKOMynmz
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +4 Z7qfCsdIiD1T 2026-11-10 9/450 2026-11-12 11:22 by HajghKOMynmz
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 Z7qfCsdIiD1T 2026-11-10 4/200 2026-11-12 11:22 by HajghKOMynmz
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 czAiolzR0IJC 2026-11-10 6/300 2026-11-12 11:00 by HajghKOMynmz
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 G2rhSvqvhNzl 2026-11-10 7/350 2026-11-12 10:49 by HajghKOMynmz
[考研] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 G2rhSvqvhNzl 2026-11-10 6/300 2026-11-12 10:41 by HajghKOMynmz
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 G2rhSvqvhNzl 2026-11-10 6/300 2026-11-12 10:36 by HajghKOMynmz
[硕博家园] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 G2rhSvqvhNzl 2026-11-10 6/300 2026-11-12 10:30 by HajghKOMynmz
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 C6CRn66RYYXS 2026-11-10 8/400 2026-11-12 10:27 by HajghKOMynmz
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +5 C6CRn66RYYXS 2026-11-10 7/350 2026-11-12 10:16 by HajghKOMynmz
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 C6CRn66RYYXS 2026-11-10 8/400 2026-11-12 10:16 by HajghKOMynmz
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 YHiw1gou1Eda 2026-11-10 6/300 2026-11-12 10:14 by HajghKOMynmz
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 YHiw1gou1Eda 2026-11-10 7/350 2026-11-12 05:41 by 9fOTqj074tIg
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 FChKX8meu1ds 2026-11-09 7/350 2026-11-12 05:30 by 9fOTqj074tIg
[基金申请] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 FChKX8meu1ds 2026-11-09 7/350 2026-11-12 05:19 by 9fOTqj074tIg
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +5 cqv1zKnzd7hr 2026-11-09 8/400 2026-11-12 05:08 by 9fOTqj074tIg
[考研] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +6 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 14/700 2026-11-09 11:52 by GwrQVVR6Oenx
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭