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叮叮咣当

新虫 (初入文坛)

[求助] 求助MM-PBSA,MM-GBSA在desmond中操作过程

From the MD data you need to calculate the free energy of binding (via MM-PBSA, MM-GBSA)

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1楼 2018-04-04 16:39:07
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hclwonder

新虫 (正式写手)
如果你有schrodinger的话，可以做。如果只有desmond的话，不确定。

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2楼2018-04-04 17:52:35
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叮叮咣当

新虫 (初入文坛)
有schrodinger，请问您是怎么做呀

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3楼2018-04-05 10:00:07
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叮叮咣当

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by hclwonder at 2018-04-04 17:52:35
如果你有schrodinger的话，可以做。如果只有desmond的话，不确定。

有schrodinger，请问您是怎么做呀

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4楼2018-04-05 10:00:48
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hclwonder

新虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 叮叮咣当 at 2018-04-05 10:00:48
有schrodinger，请问您是怎么做呀
...

schrodinger的prime模块有个mmgbsa功能。不过只能一帧一帧地算。如果想要算分子动力学轨迹中的好多帧，需要用一个script，schrodinger也有，我以前查过，不过没试过。

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5楼2018-04-05 11:14:55
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叮叮咣当

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by hclwonder at 2018-04-05 11:14:55
schrodinger的prime模块有个mmgbsa功能。不过只能一帧一帧地算。如果想要算分子动力学轨迹中的好多帧，需要用一个script，schrodinger也有，我以前查过，不过没试过。
...

多谢多谢，可以麻烦您说具体一点吗，复合物怎么处理，以及参数如何设置

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6楼2018-04-09 11:30:55
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hclwonder

新虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 叮叮咣当 at 2018-04-09 11:30:55
多谢多谢，可以麻烦您说具体一点吗，复合物怎么处理，以及参数如何设置
...

那个script叫做Thermal MMGBSA。具体的自己查下吧。

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7楼2018-04-10 20:11:45
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