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[求助]
MM-PBSA求助
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各位过路大神： 菜鸟前来求助MM-PBSA，具体情况：底物和蛋白共价结合，且含有一个关键水分子，利用教程生成了 non-standard residue 的参数文件，跑完MD，最后卡死在MM-PBSA计算上了，我的处理方式是把受体和配体分别保存并生成相应的prmtop文件，在生成complex的prmtop文件时使用了bond命令，并删掉了关键水分子，结果WT的MM-PBSA跑出来了，但是MT的就始终跑不出了，mdout文件中报错主要有：配体文件显示PB bomb in pb_setgrd(): Allocation aborted ；受体和复合物文件显示PB Bomb in pb_atmlist(): maxnba too short。 上网检索问题，参考修改了fillratio（4改到2/1.5）和space（0.5改到0.75/1）的数值，可是结果就出现了PB Bomb in setgrd(): focusing grid too large ；PB warning in pb_miccg(): CG l_maxitn exceeded! 简直要吐血了，表示渣渣完全不知道问题该怎么解决啊，跪求各路大神帮助啊！ 补充： 运行初期，下载中间产生的_MMPBSA_ligand.mdcrd，用VMD打开相应的prmtop文件和轨迹文件，完全没问题，可是等运行进行了一段时间，再继续下载_MMPBSA_ligand.mdcrd，用同样的prmtop文件以VMD打开，发现就不对了，不匹配了，到底是什么鬼？？？ |
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2楼2016-06-27 10:58:04