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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 条带偏大
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ojooo2

银虫 (初入文坛)

[求助] 条带偏大 已有1人参与

我的从NCBI上找的mRNA序列（1800bp）设计的引物，从植物里提取RNA（两个不同来源），RT，然后用得到的DNA跑PCR,但是无论怎么跑电泳条带都在接近2500的地方，如果降低温度，只要有条带，必有2500的这个条带，而且相对特别亮。touch down PCR的条带也在接近2500这个位置。温度降到42°后1800bp出现条带的时候tublin的对照组也有条带，而且特别特别淡。
麻烦大家指点下。
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素描的世界
1楼 2016-02-09 03:50:46
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fjtony163

版主 (文坛精英)

米米

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引物的特异性 blast一下你这个引物在植物基因库里位置 另外考虑对产物测序 可能网上序列和你用的细胞系不一样

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2楼2016-02-09 04:31:29
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fjtony163

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
感谢参与，应助指数 +1
ojooo2: 金币+60 2016-02-10 14:49:13
引物的特异性 blast一下你这个引物在植物基因库里位置 另外考虑对产物测序 可能网上序列和你用的细胞系不一样
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3楼2016-02-09 17:00:05
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ojooo2

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by fjtony163 at 2016-02-09 17:00:05
引物的特异性 blast一下你这个引物在植物基因库里位置 另外考虑对产物测序 可能网上序列和你用的细胞系不一样

谢谢您，我用的材料是从超市直接买来的香菜，我在blast里面找了，没有找到符合这个条带大小的序列
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素描的世界
4楼2016-02-09 22:58:51
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fjtony163

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【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by ojooo2 at 2016-02-09 22:58:51
谢谢您，我用的材料是从超市直接买来的香菜，我在blast里面找了，没有找到符合这个条带大小的序列...

毕竟基因库序列不见得是对的 所以有可能你手上的材料细胞实际序列不一样

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5楼2016-02-10 00:24:57
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ojooo2

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by fjtony163 at 2016-02-10 00:24:57
毕竟基因库序列不见得是对的 所以有可能你手上的材料细胞实际序列不一样
...

麻烦您，那您觉得我是否应该测序下呢？
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素描的世界
6楼2016-02-10 01:50:09
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fjtony163

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米米

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引用回帖:
6楼: Originally posted by ojooo2 at 2016-02-10 01:50:09
麻烦您，那您觉得我是否应该测序下呢？...

我一般是这么做的 测序然后看是否和原序列有重合部分 如果完全没有 代表扩增了别的地方 如果包含了原有序列还多出了一部分 那就要多想想之前的提纯和原料问题了
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7楼2016-02-10 02:53:16
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fjtony163

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【答案】应助回帖

另外条件允许的话 考虑做一个阳性对照
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8楼2016-02-10 02:53:59
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