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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 做单分子结构优化的困惑，求达人解答。
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dxyan

木虫 (正式写手)

[求助] 做单分子结构优化的困惑，求达人解答。已有1人参与

以前做过小分子构型优化，是通过调节键长和键角，设计一系列初始结构，然后分别计算构型优化和频率计算，然后通过能量+频率来判断最优结构。而对于双分子体系，根据可能的作用位点来摆放不同的初始结构，也是通过能量+频率来判断最优结构。然而现在要算结构较为复杂的大分子，对于这个单分子的优化有些束手无策。不知道该如何设置初始的构型。有以下几个问题还请达人多多指教。
1 。对于结构优化是不是计算后四个收敛标准都是YES，就肯定是最优结构.
2 。对于结构复杂的分子从哪些角度设计初始构型，由于是学化工的，化学功底薄弱，这方面有些无从下手。
3。另外看到有些帖子讲确定最优结构可以进行势能面扫面，这个用刚性扫描好还是柔性扫描好？具体通过gaussview怎么设置？
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1楼2016-02-08 16:08:59
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不取俗名

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
1.四个Yes也可能只是极小值，而不是最小值，只是相对优化的结构，从来没有最优化的说法，只有在相应的方法下得到的优化结构

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2楼2016-02-08 17:24:01
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不取俗名

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

2.设计分子的初始结构可以通过参考文献获得相应的键长，角度信息，使得初始结构更接近于实验值，这样，优化的时间会缩短，优化的结果可能也会更理想

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3楼2016-02-08 17:25:54
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不取俗名

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
dxyan: 金币+20, ★★★很有帮助 2016-02-08 18:31:53
3.听你的意思你不是专门做计算的，那通常就没有必要做势能面扫描，要知道，势能面扫描所需要的工作量和得到的结果的意义不成正比，甚至，很多时候，外行人在不知道该算什么的情况下，一味的就势能面扫描，一副工作量很大的样子，这是有些滑稽的，实际上，只要你的方法，基组恰当，优化得到的结果就已经够用了，我不知道楼主是否知道什么是势能面扫描，但我可以简单的告诉你，越复杂的分子，做这个就越困难，结果的意义甚至越小，一句话，直接优化就可以了

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4楼2016-02-08 17:30:36
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dxyan

木虫 (正式写手)
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2楼: Originally posted by 不取俗名 at 2016-02-08 17:24:01
1.四个Yes也可能只是极小值，而不是最小值，只是相对优化的结构，从来没有最优化的说法，只有在相应的方法下得到的优化结构

那是不是也就是说4个YES就表示是在势能面上是能量比较低的点，如果是极小值得话是否应该也达到优化要求了？是要在在相应的方法下得到一个优化的结构，可是这个优化结构如何确定就是可以接受的构型？因为不同的初始结构算出来可能都是一个可以收敛但是构型不同的结构。我的主要目的是想得到不同分子的优化结构（比如3个不同的分子），再分别和第四个分子算相互作用能，NOB等，来比较相互作用的强弱。如果前面3个单分子的结构都不是优化结构的话，这样和后面第四个分子算出来的相互作用的结果不是可能不正确，这样的话不是无法比较？
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5楼2016-02-08 18:18:50
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dxyan

木虫 (正式写手)
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3楼: Originally posted by 不取俗名 at 2016-02-08 17:25:54
2.设计分子的初始结构可以通过参考文献获得相应的键长，角度信息，使得初始结构更接近于实验值，这样，优化的时间会缩短，优化的结果可能也会更理想

如果是文献没有算过的分子那该如何设计初始结构呢？有些文献上也没给出键长和角度信息。我这次算的分子别人做过相似的结构，就是母核是2个环状的结构，连了一个长的脂肪链。别人优化的结构中长的脂肪链是一个偏向环的蜷曲结构。我要算的分子不同处在于这个长脂肪链上多了3个双键，其他都是一样的。结果按照他的优化构型加上双键优化后，脂肪链完全展开。而且第一次优化结果全部是4个YES，不知道为什么？其他不同的初始构型我也不知道怎么摆。回头看看自己以前算的小分子，设计了不同初始构型，然后分别计算构型优化和频率计算，然后通过能量+频率来判断最优结构。现在发现当时我所选的那些优化构型，收敛结构居然都是4个NO（当时还不懂这点），所以现在非常困惑。
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不取俗名
6楼2016-02-08 18:30:19
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dxyan

木虫 (正式写手)
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4楼: Originally posted by 不取俗名 at 2016-02-08 17:30:36
3.听你的意思你不是专门做计算的，那通常就没有必要做势能面扫描，要知道，势能面扫描所需要的工作量和得到的结果的意义不成正比，甚至，很多时候，外行人在不知道该算什么的情况下，一味的就势能面扫描，一副工作量 ...

嗯嗯，我不懂势能面扫描，只是看到有人在做结构优化说可以这样，所以想尝试下。如果能解决问题，不用算当然是好的，谢谢你耐心的回复。
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7楼2016-02-08 18:31:46
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不取俗名

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by dxyan at 2016-02-08 18:18:50
那是不是也就是说4个YES就表示是在势能面上是能量比较低的点，如果是极小值得话是否应该也达到优化要求了？是要在在相应的方法下得到一个优化的结构，可是这个优化结构如何确定就是可以接受的构型？因为不同的初始 ...

通常的做法是每个分子单独要先优化，然后再算多个分子，因为你在计算相互作用能的时候也要用到单个分子的能量，另外，你在计算多个分子的时候，实际上也会对每个分子进行优化。也有的作者是这样做的，将多个分子中的单个分子提取出来，固定左边，算单点能获得单独分子的能量

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8楼2016-02-08 18:33:56
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不取俗名

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6楼: Originally posted by dxyan at 2016-02-08 18:30:19
如果是文献没有算过的分子那该如何设计初始结构呢？有些文献上也没给出键长和角度信息。我这次算的分子别人做过相似的结构，就是母核是2个环状的结构，连了一个长的脂肪链。别人优化的结构中长的脂肪链是一个偏向环 ...

你所说的通过能量和频率来查看是否会优化完毕，我不知道你说的是不是查看虚频，你之前的算的结构可能有虚频，如果你算的不是过度态，那这样的结果是不合理的，必须消除虚频

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9楼2016-02-08 18:36:30
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dxyan

木虫 (正式写手)
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8楼: Originally posted by 不取俗名 at 2016-02-08 18:33:56
通常的做法是每个分子单独要先优化，然后再算多个分子，因为你在计算相互作用能的时候也要用到单个分子的能量，另外，你在计算多个分子的时候，实际上也会对每个分子进行优化。也有的作者是这样做的，将多个分子中 ...

是的，我知道这样做，我之前算小分子是也是这样做的，我现在就是比较困惑的是，我无法判断我算出的单分子是个优化结构。因为双分子还好办些，其中可以估计可能的作用位点来摆放分子结构，从而进行不同可能初始结构的优化。单分子优化算到怎样可以算是个优化的构型。
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10楼2016-02-08 18:45:46
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