| 查看: 2194 | 回复: 12 | ||
[求助]
做单分子结构优化的困惑，求达人解答。 已有1人参与
|
|
以前做过小分子构型优化，是通过调节键长和键角，设计一系列初始结构，然后分别计算构型优化和频率计算，然后通过能量+频率来判断最优结构。而对于双分子体系，根据可能的作用位点来摆放不同的初始结构，也是通过能量+频率来判断最优结构。然而现在要算结构较为复杂的大分子，对于这个单分子的优化有些束手无策。不知道该如何设置初始的构型。有以下几个问题还请达人多多指教。 1 。对于结构优化是不是计算后四个收敛标准都是YES，就肯定是最优结构. 2 。对于结构复杂的分子从哪些角度设计初始构型，由于是学化工的，化学功底薄弱，这方面有些无从下手。 3。另外看到有些帖子讲确定最优结构可以进行势能面扫面，这个用刚性扫描好还是柔性扫描好？具体通过gaussview怎么设置？ |
回复此楼» 猜你喜欢
Renlab@monash全奖博士机会，最后三天！
已经有0人回复
-
今年面上没有消息，想来是没了，散个金攒攒人品，为明年祈福
已经有698人回复
-
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有114人回复
-
合肥工业大学854仪器技术综合专业课考研
已经有0人回复
-
27年电化学博士毕业，想找海外QS前50的高校读博后求推荐
已经有3人回复
-
27年电池/材料类博士申请
已经有2人回复
-
2027年博士申请或转博科研助理 求推荐
已经有1人回复
-
氯化钠与有机磺酸分离
已经有1人回复
-
瑞典-博后-固态电池-粘结剂-锂离子电池方向
已经有53人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
不取俗名
木虫 (正式写手)
- 应助: 83 (初中生)
- 金币: 2866.5
- 散金: 78
- 红花: 11
- 帖子: 676
- 在线: 84.3小时
- 虫号: 3121021
- 注册: 2014-04-08
- 专业: 理论和计算化学
2楼2016-02-08 17:24:01
不取俗名
木虫 (正式写手)
- 应助: 83 (初中生)
- 金币: 2866.5
- 散金: 78
- 红花: 11
- 帖子: 676
- 在线: 84.3小时
- 虫号: 3121021
- 注册: 2014-04-08
- 专业: 理论和计算化学
3楼2016-02-08 17:25:54
不取俗名
木虫 (正式写手)
- 应助: 83 (初中生)
- 金币: 2866.5
- 散金: 78
- 红花: 11
- 帖子: 676
- 在线: 84.3小时
- 虫号: 3121021
- 注册: 2014-04-08
- 专业: 理论和计算化学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
dxyan: 金币+20, ★★★很有帮助 2016-02-08 18:31:53
dxyan: 金币+20, ★★★很有帮助 2016-02-08 18:31:53
|
3.听你的意思你不是专门做计算的，那通常就没有必要做势能面扫描，要知道，势能面扫描所需要的工作量和得到的结果的意义不成正比，甚至，很多时候，外行人在不知道该算什么的情况下，一味的就势能面扫描，一副工作量很大的样子，这是有些滑稽的，实际上，只要你的方法，基组恰当，优化得到的结果就已经够用了，我不知道楼主是否知道什么是势能面扫描，但我可以简单的告诉你，越复杂的分子，做这个就越困难，结果的意义甚至越小，一句话，直接优化就可以了 发自小木虫Android客户端 |
4楼2016-02-08 17:30:36
5楼2016-02-08 18:18:50
|
如果是文献没有算过的分子那该如何设计初始结构呢？有些文献上也没给出键长和角度信息。我这次算的分子别人做过相似的结构，就是母核是2个环状的结构，连了一个长的脂肪链。别人优化的结构中长的脂肪链是一个偏向环的蜷曲结构。我要算的分子不同处在于这个长脂肪链上多了3个双键，其他都是一样的。结果按照他的优化构型加上双键优化后，脂肪链完全展开。而且第一次优化结果全部是4个YES，不知道为什么？其他不同的初始构型我也不知道怎么摆。回头看看自己以前算的小分子，设计了不同初始构型，然后分别计算构型优化和频率计算，然后通过能量+频率来判断最优结构。现在发现当时我所选的那些优化构型，收敛结构居然都是4个NO（当时还不懂这点），所以现在非常困惑。 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
6楼2016-02-08 18:30:19
7楼2016-02-08 18:31:46
不取俗名
木虫 (正式写手)
- 应助: 83 (初中生)
- 金币: 2866.5
- 散金: 78
- 红花: 11
- 帖子: 676
- 在线: 84.3小时
- 虫号: 3121021
- 注册: 2014-04-08
- 专业: 理论和计算化学
【答案】应助回帖
|
通常的做法是每个分子单独要先优化，然后再算多个分子，因为你在计算相互作用能的时候也要用到单个分子的能量，另外，你在计算多个分子的时候，实际上也会对每个分子进行优化。也有的作者是这样做的，将多个分子中的单个分子提取出来，固定左边，算单点能获得单独分子的能量 发自小木虫Android客户端 |
8楼2016-02-08 18:33:56
不取俗名
木虫 (正式写手)
- 应助: 83 (初中生)
- 金币: 2866.5
- 散金: 78
- 红花: 11
- 帖子: 676
- 在线: 84.3小时
- 虫号: 3121021
- 注册: 2014-04-08
- 专业: 理论和计算化学
送红花一朵 |
你所说的通过能量和频率来查看是否会优化完毕，我不知道你说的是不是查看虚频，你之前的算的结构可能有虚频，如果你算的不是过度态，那这样的结果是不合理的，必须消除虚频 发自小木虫Android客户端 |
9楼2016-02-08 18:36:30
10楼2016-02-08 18:45:46
20