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dxyan木虫 (正式写手)
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[求助]
做单分子结构优化的困惑，求达人解答。 已有1人参与
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以前做过小分子构型优化，是通过调节键长和键角，设计一系列初始结构，然后分别计算构型优化和频率计算，然后通过能量+频率来判断最优结构。而对于双分子体系，根据可能的作用位点来摆放不同的初始结构，也是通过能量+频率来判断最优结构。然而现在要算结构较为复杂的大分子，对于这个单分子的优化有些束手无策。不知道该如何设置初始的构型。有以下几个问题还请达人多多指教。 1 。对于结构优化是不是计算后四个收敛标准都是YES，就肯定是最优结构. 2 。对于结构复杂的分子从哪些角度设计初始构型，由于是学化工的，化学功底薄弱，这方面有些无从下手。 3。另外看到有些帖子讲确定最优结构可以进行势能面扫面，这个用刚性扫描好还是柔性扫描好？具体通过gaussview怎么设置？ |
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【答案】应助回帖
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通常的做法是每个分子单独要先优化，然后再算多个分子，因为你在计算相互作用能的时候也要用到单个分子的能量，另外，你在计算多个分子的时候，实际上也会对每个分子进行优化。也有的作者是这样做的，将多个分子中的单个分子提取出来，固定左边，算单点能获得单独分子的能量 发自小木虫Android客户端 |
8楼2016-02-08 18:33:56
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2楼2016-02-08 17:24:01
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3楼2016-02-08 17:25:54
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【答案】应助回帖
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dxyan: 金币+20, ★★★很有帮助 2016-02-08 18:31:53
dxyan: 金币+20, ★★★很有帮助 2016-02-08 18:31:53
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3.听你的意思你不是专门做计算的，那通常就没有必要做势能面扫描，要知道，势能面扫描所需要的工作量和得到的结果的意义不成正比，甚至，很多时候，外行人在不知道该算什么的情况下，一味的就势能面扫描，一副工作量很大的样子，这是有些滑稽的，实际上，只要你的方法，基组恰当，优化得到的结果就已经够用了，我不知道楼主是否知道什么是势能面扫描，但我可以简单的告诉你，越复杂的分子，做这个就越困难，结果的意义甚至越小，一句话，直接优化就可以了 发自小木虫Android客户端 |
4楼2016-02-08 17:30:36
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