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dxyan木虫 (正式写手)
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做单分子结构优化的困惑，求达人解答。 已有1人参与
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以前做过小分子构型优化，是通过调节键长和键角，设计一系列初始结构，然后分别计算构型优化和频率计算，然后通过能量+频率来判断最优结构。而对于双分子体系，根据可能的作用位点来摆放不同的初始结构，也是通过能量+频率来判断最优结构。然而现在要算结构较为复杂的大分子，对于这个单分子的优化有些束手无策。不知道该如何设置初始的构型。有以下几个问题还请达人多多指教。 1 。对于结构优化是不是计算后四个收敛标准都是YES，就肯定是最优结构. 2 。对于结构复杂的分子从哪些角度设计初始构型，由于是学化工的，化学功底薄弱，这方面有些无从下手。 3。另外看到有些帖子讲确定最优结构可以进行势能面扫面，这个用刚性扫描好还是柔性扫描好？具体通过gaussview怎么设置？ |
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2楼2016-02-08 17:24:01
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3楼2016-02-08 17:25:54
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【答案】应助回帖
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dxyan: 金币+20, ★★★很有帮助 2016-02-08 18:31:53
dxyan: 金币+20, ★★★很有帮助 2016-02-08 18:31:53
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3.听你的意思你不是专门做计算的，那通常就没有必要做势能面扫描，要知道，势能面扫描所需要的工作量和得到的结果的意义不成正比，甚至，很多时候，外行人在不知道该算什么的情况下，一味的就势能面扫描，一副工作量很大的样子，这是有些滑稽的，实际上，只要你的方法，基组恰当，优化得到的结果就已经够用了，我不知道楼主是否知道什么是势能面扫描，但我可以简单的告诉你，越复杂的分子，做这个就越困难，结果的意义甚至越小，一句话，直接优化就可以了 发自小木虫Android客户端 |
4楼2016-02-08 17:30:36
dxyan
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5楼2016-02-08 18:18:50
dxyan
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如果是文献没有算过的分子那该如何设计初始结构呢？有些文献上也没给出键长和角度信息。我这次算的分子别人做过相似的结构，就是母核是2个环状的结构，连了一个长的脂肪链。别人优化的结构中长的脂肪链是一个偏向环的蜷曲结构。我要算的分子不同处在于这个长脂肪链上多了3个双键，其他都是一样的。结果按照他的优化构型加上双键优化后，脂肪链完全展开。而且第一次优化结果全部是4个YES，不知道为什么？其他不同的初始构型我也不知道怎么摆。回头看看自己以前算的小分子，设计了不同初始构型，然后分别计算构型优化和频率计算，然后通过能量+频率来判断最优结构。现在发现当时我所选的那些优化构型，收敛结构居然都是4个NO（当时还不懂这点），所以现在非常困惑。 |
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6楼2016-02-08 18:30:19
dxyan
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7楼2016-02-08 18:31:46
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【答案】应助回帖
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通常的做法是每个分子单独要先优化，然后再算多个分子，因为你在计算相互作用能的时候也要用到单个分子的能量，另外，你在计算多个分子的时候，实际上也会对每个分子进行优化。也有的作者是这样做的，将多个分子中的单个分子提取出来，固定左边，算单点能获得单独分子的能量 发自小木虫Android客户端 |
8楼2016-02-08 18:33:56
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你所说的通过能量和频率来查看是否会优化完毕，我不知道你说的是不是查看虚频，你之前的算的结构可能有虚频，如果你算的不是过度态，那这样的结果是不合理的，必须消除虚频 发自小木虫Android客户端 |
9楼2016-02-08 18:36:30
dxyan
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10楼2016-02-08 18:45:46
