| 查看: 2205 | 回复: 12 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
[求助]
做单分子结构优化的困惑,求达人解答。 已有1人参与
|
||
|
以前做过小分子构型优化,是通过调节键长和键角,设计一系列初始结构,然后分别计算构型优化和频率计算,然后通过能量+频率来判断最优结构。而对于双分子体系,根据可能的作用位点来摆放不同的初始结构,也是通过能量+频率来判断最优结构。然而现在要算结构较为复杂的大分子,对于这个单分子的优化有些束手无策。不知道该如何设置初始的构型。有以下几个问题还请达人多多指教。 1 。对于结构优化是不是计算后四个收敛标准都是YES,就肯定是最优结构. 2 。对于结构复杂的分子从哪些角度设计初始构型,由于是学化工的,化学功底薄弱,这方面有些无从下手。 3。另外看到有些帖子讲确定最优结构可以进行势能面扫面,这个用刚性扫描好还是柔性扫描好?具体通过gaussview怎么设置? |
» 猜你喜欢
欢迎化学、化工、物理、材料、或计算机背景的考研咨询
已经有0人回复
黑龙江省原子能研究院化学课题组招收2026级化学专业或化学相关专业硕士生
已经有0人回复
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有57人回复
26博士申请
已经有0人回复
河南理工大学化工学院招收调剂生啦!
已经有1人回复
湖南大学刘巧玲课题组2026年博士研究生招生信息
已经有28人回复
南方科技大学表面催化反应动力学研究课题组招收2026届博士生
已经有1人回复
招收博士一名-宁波大学
已经有0人回复
北京邮电大学物理学院老师招收博士生
已经有3人回复
Comsol 6.0 桶内肥料产热产湿过程模拟求助
已经有1人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
|
如果是文献没有算过的分子那该如何设计初始结构呢?有些文献上也没给出键长和角度信息。我这次算的分子别人做过相似的结构,就是母核是2个环状的结构,连了一个长的脂肪链。别人优化的结构中长的脂肪链是一个偏向环的蜷曲结构。我要算的分子不同处在于这个长脂肪链上多了3个双键,其他都是一样的。结果按照他的优化构型加上双键优化后,脂肪链完全展开。而且第一次优化结果全部是4个YES,不知道为什么?其他不同的初始构型我也不知道怎么摆。回头看看自己以前算的小分子,设计了不同初始构型,然后分别计算构型优化和频率计算,然后通过能量+频率来判断最优结构。现在发现当时我所选的那些优化构型,收敛结构居然都是4个NO(当时还不懂这点),所以现在非常困惑。 |
6楼2016-02-08 18:30:19
不取俗名
木虫 (正式写手)
- 应助: 83 (初中生)
- 金币: 2866.5
- 散金: 78
- 红花: 11
- 帖子: 676
- 在线: 84.3小时
- 虫号: 3121021
- 注册: 2014-04-08
- 专业: 理论和计算化学
2楼2016-02-08 17:24:01
不取俗名
木虫 (正式写手)
- 应助: 83 (初中生)
- 金币: 2866.5
- 散金: 78
- 红花: 11
- 帖子: 676
- 在线: 84.3小时
- 虫号: 3121021
- 注册: 2014-04-08
- 专业: 理论和计算化学
3楼2016-02-08 17:25:54
不取俗名
木虫 (正式写手)
- 应助: 83 (初中生)
- 金币: 2866.5
- 散金: 78
- 红花: 11
- 帖子: 676
- 在线: 84.3小时
- 虫号: 3121021
- 注册: 2014-04-08
- 专业: 理论和计算化学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
dxyan: 金币+20, ★★★很有帮助 2016-02-08 18:31:53
dxyan: 金币+20, ★★★很有帮助 2016-02-08 18:31:53
|
3.听你的意思你不是专门做计算的,那通常就没有必要做势能面扫描,要知道,势能面扫描所需要的工作量和得到的结果的意义不成正比,甚至,很多时候,外行人在不知道该算什么的情况下,一味的就势能面扫描,一副工作量很大的样子,这是有些滑稽的,实际上,只要你的方法,基组恰当,优化得到的结果就已经够用了,我不知道楼主是否知道什么是势能面扫描,但我可以简单的告诉你,越复杂的分子,做这个就越困难,结果的意义甚至越小,一句话,直接优化就可以了 发自小木虫Android客户端 |
4楼2016-02-08 17:30:36









回复此楼
不取俗名