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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 做单分子结构优化的困惑，求达人解答。
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dxyan

木虫 (正式写手)

[求助] 做单分子结构优化的困惑，求达人解答。已有1人参与

以前做过小分子构型优化，是通过调节键长和键角，设计一系列初始结构，然后分别计算构型优化和频率计算，然后通过能量+频率来判断最优结构。而对于双分子体系，根据可能的作用位点来摆放不同的初始结构，也是通过能量+频率来判断最优结构。然而现在要算结构较为复杂的大分子，对于这个单分子的优化有些束手无策。不知道该如何设置初始的构型。有以下几个问题还请达人多多指教。
1 。对于结构优化是不是计算后四个收敛标准都是YES，就肯定是最优结构.
2 。对于结构复杂的分子从哪些角度设计初始构型，由于是学化工的，化学功底薄弱，这方面有些无从下手。
3。另外看到有些帖子讲确定最优结构可以进行势能面扫面，这个用刚性扫描好还是柔性扫描好？具体通过gaussview怎么设置？
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1楼2016-02-08 16:08:59
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dxyan

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 不取俗名 at 2016-02-08 17:25:54
2.设计分子的初始结构可以通过参考文献获得相应的键长，角度信息，使得初始结构更接近于实验值，这样，优化的时间会缩短，优化的结果可能也会更理想

如果是文献没有算过的分子那该如何设计初始结构呢？有些文献上也没给出键长和角度信息。我这次算的分子别人做过相似的结构，就是母核是2个环状的结构，连了一个长的脂肪链。别人优化的结构中长的脂肪链是一个偏向环的蜷曲结构。我要算的分子不同处在于这个长脂肪链上多了3个双键，其他都是一样的。结果按照他的优化构型加上双键优化后，脂肪链完全展开。而且第一次优化结果全部是4个YES，不知道为什么？其他不同的初始构型我也不知道怎么摆。回头看看自己以前算的小分子，设计了不同初始构型，然后分别计算构型优化和频率计算，然后通过能量+频率来判断最优结构。现在发现当时我所选的那些优化构型，收敛结构居然都是4个NO（当时还不懂这点），所以现在非常困惑。
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不取俗名
6楼2016-02-08 18:30:19
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不取俗名

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
1.四个Yes也可能只是极小值，而不是最小值，只是相对优化的结构，从来没有最优化的说法，只有在相应的方法下得到的优化结构

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2楼2016-02-08 17:24:01
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不取俗名

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

2.设计分子的初始结构可以通过参考文献获得相应的键长，角度信息，使得初始结构更接近于实验值，这样，优化的时间会缩短，优化的结果可能也会更理想

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3楼2016-02-08 17:25:54
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不取俗名

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

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dxyan: 金币+20, ★★★很有帮助 2016-02-08 18:31:53
3.听你的意思你不是专门做计算的，那通常就没有必要做势能面扫描，要知道，势能面扫描所需要的工作量和得到的结果的意义不成正比，甚至，很多时候，外行人在不知道该算什么的情况下，一味的就势能面扫描，一副工作量很大的样子，这是有些滑稽的，实际上，只要你的方法，基组恰当，优化得到的结果就已经够用了，我不知道楼主是否知道什么是势能面扫描，但我可以简单的告诉你，越复杂的分子，做这个就越困难，结果的意义甚至越小，一句话，直接优化就可以了

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4楼2016-02-08 17:30:36
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