| 查看: 2311 | 回复: 12 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[求助]
做单分子结构优化的困惑，求达人解答。 已有1人参与
|
|||
|
以前做过小分子构型优化，是通过调节键长和键角，设计一系列初始结构，然后分别计算构型优化和频率计算，然后通过能量+频率来判断最优结构。而对于双分子体系，根据可能的作用位点来摆放不同的初始结构，也是通过能量+频率来判断最优结构。然而现在要算结构较为复杂的大分子，对于这个单分子的优化有些束手无策。不知道该如何设置初始的构型。有以下几个问题还请达人多多指教。 1 。对于结构优化是不是计算后四个收敛标准都是YES，就肯定是最优结构. 2 。对于结构复杂的分子从哪些角度设计初始构型，由于是学化工的，化学功底薄弱，这方面有些无从下手。 3。另外看到有些帖子讲确定最优结构可以进行势能面扫面，这个用刚性扫描好还是柔性扫描好？具体通过gaussview怎么设置？ |
回复此楼» 猜你喜欢
Postdoc position, materials simulations/machine learning, U. of South Carolina
已经有0人回复
-
祈福青基
已经有34人回复
-
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有247人回复
-
香港中文大学（深圳）2026年招聘公告
已经有0人回复
-
牛来！米来！面来！
已经有8人回复
-
2027申博咨询
已经有11人回复
-
寻求CrC2Al的cif文件，感谢
已经有0人回复
-
大湾区大学刘天辉课题组招收2027级博士生（与中山大学物理学院联合培养）
已经有65人回复
-
ORCA 纯新手向入门指南0.7版
已经有0人回复
-
哈尔滨工业大学（深圳）绿色合成化学团队招收27年春季或秋季入学的博士生
已经有5人回复
-
吉林大学化学学院理论化学研究所刘靖尧教授课题组招收2027级申请考核制博士研究生
已经有0人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
不取俗名
木虫 (正式写手)
- 应助: 83 (初中生)
- 金币: 2866.5
- 散金: 78
- 红花: 11
- 帖子: 676
- 在线: 84.3小时
- 虫号: 3121021
- 注册: 2014-04-08
- 专业: 理论和计算化学
送红花一朵 |
你所说的通过能量和频率来查看是否会优化完毕，我不知道你说的是不是查看虚频，你之前的算的结构可能有虚频，如果你算的不是过度态，那这样的结果是不合理的，必须消除虚频 发自小木虫Android客户端 |
9楼2016-02-08 18:36:30
不取俗名
木虫 (正式写手)
- 应助: 83 (初中生)
- 金币: 2866.5
- 散金: 78
- 红花: 11
- 帖子: 676
- 在线: 84.3小时
- 虫号: 3121021
- 注册: 2014-04-08
- 专业: 理论和计算化学
2楼2016-02-08 17:24:01
不取俗名
木虫 (正式写手)
- 应助: 83 (初中生)
- 金币: 2866.5
- 散金: 78
- 红花: 11
- 帖子: 676
- 在线: 84.3小时
- 虫号: 3121021
- 注册: 2014-04-08
- 专业: 理论和计算化学
3楼2016-02-08 17:25:54
不取俗名
木虫 (正式写手)
- 应助: 83 (初中生)
- 金币: 2866.5
- 散金: 78
- 红花: 11
- 帖子: 676
- 在线: 84.3小时
- 虫号: 3121021
- 注册: 2014-04-08
- 专业: 理论和计算化学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
dxyan: 金币+20, ★★★很有帮助 2016-02-08 18:31:53
dxyan: 金币+20, ★★★很有帮助 2016-02-08 18:31:53
|
3.听你的意思你不是专门做计算的，那通常就没有必要做势能面扫描，要知道，势能面扫描所需要的工作量和得到的结果的意义不成正比，甚至，很多时候，外行人在不知道该算什么的情况下，一味的就势能面扫描，一副工作量很大的样子，这是有些滑稽的，实际上，只要你的方法，基组恰当，优化得到的结果就已经够用了，我不知道楼主是否知道什么是势能面扫描，但我可以简单的告诉你，越复杂的分子，做这个就越困难，结果的意义甚至越小，一句话，直接优化就可以了 发自小木虫Android客户端 |
4楼2016-02-08 17:30:36
