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faile18

金虫 (小有名气)

[求助] 染色体步移 已有1人参与

目前在利用takara的genome walking试剂盒克隆玉米中一段启动子序列,第一次利用AP1-4的时候均得到了1.3kb的产物,设计特异引物克隆这一段,已经测序得到这一段序列。在此基础上进行第二次walking,第三轮的GSP设计在距离第一次1.3kb 5‘端140bp的位置,这次AP1,3,4得到的产物相似,AP2得到产物略小约900bp,然后设计一对引物可以检测出上面提到的140bp进行初筛,结果只有AP2中所有克隆都含有这一段,克隆、测序、BLAST比对,900bp可以比对到染色体上相应位置,并且与第一次的1.3kb可以重合。拼接后得到约2.0kb的区段,只需要对1.7kb的区段进行研究,设计引物扩增,在玉米B73中克隆到目的条带,但是未知材料里没有任何产物。请教一下各位,这是什么情况?明明两轮WALKING得到的产物可以拼接上而且在未知材料中得到的1.7kb也可以比对到染色体上相应位置,但是扩增不出来,其中的1.3kb已经得到证实,PCR体系及条件没有问题,求解。
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bbaa5252

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
7楼: Originally posted by jingyu90217 at 2016-04-14 02:01:48
但是后面第二次步移回收第二轮的产物就一直连不上t载体。测序要不是空载要不就只能找到引物序列 无重叠区。真是要疯了……折腾很久了……要怎么改进一下呢?

...

你好,我最近也在做这个实验,我想问一下我为什么我2nd和3rd的扩增片段超过10000bp啊,感觉离点样孔很近,不知道是什么原因
8楼2016-10-19 18:57:53
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faile18

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 反应链 at 2016-01-22 11:29:53
InDel

克隆用的引物是根据测序结果设计的,即使有InDel,也应该会有条带吧?
3楼2016-01-22 12:34:44
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dushangyun

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

想问问您的PCR循环的程序,跪求!
经不住逝水流年,逃不过此间少年
4楼2016-03-14 18:40:55
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yali002

新虫 (初入文坛)

楼主 请问  你回收的第3次染色体步移产物的片段有没有要求?一定要比第2次的产物分子量小么?
5楼2016-04-12 17:41:21
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