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wcq吴超群

新虫 (小有名气)

[求助] 如何鉴定一株分离得到的内生真菌是否为新种???已有1人参与

本人刚刚开始接触植物内生真菌,有些问题想请教下。目前,有一株分离自植物的炭角菌,是我一个毕业了的师姐分离出来的。她当时测了这株真菌的ITS片段序列,NCBI数据库的比对结果和某种炭角菌相似度达到98%,然后又测了该株真菌的RPB2片段序列,序列对比结果和另外某种炭角菌相似度达98%,又结合部分形态特征,依此鉴定为炭角菌,但是我不明白她为什么毕业论文中说是分离到炭角菌新种?
          我看论坛中有人说序列相似度在97%以下,才有可能是新种。另外,当时师姐没能诱导产子囊壳和孢子,只拍了子座的显微结构,我们导师(对真菌了解不多)现在想让我试试诱导产孢,写一篇真菌新种发布的文章。但是根据序列相似度,我现在怀疑当时分离到的可能就不是新种。所以想请教下大家,否则后边的诱导实验都是徒劳。另外,我看了一些新种的发布文章,都是只涉及性状和显微结构的描述,好像也没有说要把分子鉴定的写上去啊?小白,虚心求教。
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jhonrambo

新虫 (小有名气)

2楼2016-01-15 00:54:39
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wcq吴超群

新虫 (小有名气)

3楼2016-01-15 09:38:23
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books

木虫 (小有名气)

重新再做比对,检查一下。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
4楼2016-01-15 09:47:03
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张晓腾58

新虫 (正式写手)

序列比对,显微结构观察,比较不同差异很大!就可以!我原来做的一株虫草,基因序列单基因,多基因比对都有差异不是很大!但是产孢结构差异很大!  又和相似那个菌株做培养,结构比对!就可以了!

发自小木虫Android客户端
5楼2016-01-15 14:18:39
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wcq吴超群

新虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 张晓腾58 at 2016-01-15 14:18:39
序列比对,显微结构观察,比较不同差异很大!就可以!我原来做的一株虫草,基因序列单基因,多基因比对都有差异不是很大!但是产孢结构差异很大!  又和相似那个菌株做培养,结构比对!就可以了!
...

OK

发自小木虫Android客户端
6楼2016-01-15 16:41:07
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wcq吴超群

新虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 张晓腾58 at 2016-01-15 14:18:39
序列比对,显微结构观察,比较不同差异很大!就可以!我原来做的一株虫草,基因序列单基因,多基因比对都有差异不是很大!但是产孢结构差异很大!  又和相似那个菌株做培养,结构比对!就可以了!
...

感谢

发自小木虫Android客户端
7楼2016-01-15 16:42:32
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wcq吴超群

新虫 (小有名气)

8楼2016-01-16 19:50:07
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美亿美生物

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【答案】应助回帖

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97%以下为相似度较低,可以提交序列申请登录号。如果较高的话,基本可以根据库里面的比对信息,判断为一致。
分子方面的鉴定还是比较简单的。提取,引物扩增,克隆测序,比对建树。
可以联系我们进行处理。北京美亿美生物回复以上,祝好
9楼2016-01-18 11:07:35
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那一沐,星辰

新虫 (正式写手)

内容已删除
10楼2021-08-05 17:46:45
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