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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » [求助]径向分布函数问题
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sys_gintama

金虫 (小有名气)

[求助] [求助]径向分布函数问题 已有3人参与

前辈们好！我在用Towhee做气液平衡后，对液相进行了径向分布函数的计算。但是发现纵坐标趋近于0，而不是1，请问大家知道这是什么原因么？谢谢大家！

[求助]径向分布函数问题
water-H-H径向分布函数.png
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有些事情，只是想，一定不能成功；尝试去做，有可能成功。
1楼 2016-01-03 16:49:11
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992648352

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
sys_gintama: 金币+2, ★有帮助 2016-03-13 12:29:11
引用回帖:
9楼: Originally posted by sys_gintama at 2016-02-25 14:44:26
嗯嗯，我也用analyse_movie这个towhee自带的RDF程序处理了，但是好像结果也不太理想，而且横坐标只能看到截断半径，截断半径之后的图像得不到。。。您能留个联系方式么？QQ或者邮箱都行，我可以给您发一点儿我的计 ...

模拟的阶段半径和计算RDF的阶段半径可以不同吧，可以重新设置吧！
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10楼2016-02-25 23:29:25
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chuntao118

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
sys_gintama: 金币+5, ★★★很有帮助 2016-03-13 12:28:25
你这个结果应该是有问题的，首先，我见过的水分子的H-H径向分布函数不是这样的，其次，你检查一下你的边界条件看看是不是周期边界，因为我最近发现不同的边界条件对径向分布函数是有影响的，至于原因还没有整明白！你可以参考一下《The Art of Molecular Dynamics Simulation》的第八章，里面是TIP4P 模拟的水分子的径向分布函数，你要使用软件做的话我就不太清楚问题出现在什么地方。但这个结果应该是有问题的。
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sys_gintama
2楼2016-01-04 14:28:31
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凌云志123

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
这是我计算的  我用VASP ，你检查下体积和温度  还有截断半径
[求助]径向分布函数问题-1
H-H RDF
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sys_gintama
3楼2016-01-05 10:36:20
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sys_gintama

金虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by chuntao118 at 2016-01-04 14:28:31
你这个结果应该是有问题的，首先，我见过的水分子的H-H径向分布函数不是这样的，其次，你检查一下你的边界条件看看是不是周期边界，因为我最近发现不同的边界条件对径向分布函数是有影响的，至于原因还没有整明白！ ...

谢谢您!我已經通过邮件联系您了
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有些事情，只是想，一定不能成功；尝试去做，有可能成功。
4楼2016-01-05 12:24:46
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