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sys_gintama

金虫 (小有名气)

[求助] [求助]径向分布函数问题 已有3人参与

前辈们好!我在用Towhee做气液平衡后,对液相进行了径向分布函数的计算。但是发现纵坐标趋近于0,而不是1,请问大家知道这是什么原因么?谢谢大家!

[求助]径向分布函数问题
water-H-H径向分布函数.png
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有些事情,只是想,一定不能成功;尝试去做,有可能成功。
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chuntao118

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
sys_gintama: 金币+5, ★★★很有帮助 2016-03-13 12:28:25
你这个结果应该是有问题的,首先,我见过的水分子的H-H径向分布函数不是这样的,其次,你检查一下你的边界条件看看是不是周期边界,因为我最近发现不同的边界条件对径向分布函数是有影响的,至于原因还没有整明白!你可以参考一下《The Art of Molecular Dynamics Simulation》的第八章,里面是TIP4P 模拟的水分子的径向分布函数,你要使用软件做的话我就不太清楚问题出现在什么地方。但这个结果应该是有问题的。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

2楼2016-01-04 14:28:31
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凌云志123

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
这是我计算的  我用VASP ,你检查下体积和温度  还有截断半径
[求助]径向分布函数问题-1
H-H RDF

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

3楼2016-01-05 10:36:20
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sys_gintama

金虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by chuntao118 at 2016-01-04 14:28:31
你这个结果应该是有问题的,首先,我见过的水分子的H-H径向分布函数不是这样的,其次,你检查一下你的边界条件看看是不是周期边界,因为我最近发现不同的边界条件对径向分布函数是有影响的,至于原因还没有整明白! ...

谢谢您!我已經通过邮件联系您了
有些事情,只是想,一定不能成功;尝试去做,有可能成功。
4楼2016-01-05 12:24:46
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sys_gintama

金虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by 凌云志123 at 2016-01-05 10:36:20
这是我计算的  我用VASP ,你检查下体积和温度  还有截断半径

H-H RDF

谢谢您!我看了一下咱俩的图,发现r=2附近图像比较类似.您画图时采用的输入文件是什么类型的啊?pdb文件么?
有些事情,只是想,一定不能成功;尝试去做,有可能成功。
5楼2016-01-05 12:27:03
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992648352

银虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by sys_gintama at 2016-01-05 12:27:03
谢谢您!我看了一下咱俩的图,发现r=2附近图像比较类似.您画图时采用的输入文件是什么类型的啊?pdb文件么?...

你是用什么做的RDF呢?
6楼2016-02-23 09:26:16
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sys_gintama

金虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 992648352 at 2016-02-23 09:26:16
你是用什么做的RDF呢?...

我用VMD做的RDF,导入的.pdb文件。但是结果不太对,不趋近于1
有些事情,只是想,一定不能成功;尝试去做,有可能成功。
7楼2016-02-25 09:19:40
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992648352

银虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by sys_gintama at 2016-02-25 09:19:40
我用VMD做的RDF,导入的.pdb文件。但是结果不太对,不趋近于1...

为什么不直接采用towhee自带的RDF程序呢?moive文件
8楼2016-02-25 14:34:06
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sys_gintama

金虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 992648352 at 2016-02-25 14:34:06
为什么不直接采用towhee自带的RDF程序呢?moive文件...

嗯嗯,我也用analyse_movie这个towhee自带的RDF程序处理了,但是好像结果也不太理想,而且横坐标只能看到截断半径,截断半径之后的图像得不到。。。您能留个联系方式么?QQ或者邮箱都行,我可以给您发一点儿我的计算文件,更方便咱们交流,谢谢您!
有些事情,只是想,一定不能成功;尝试去做,有可能成功。
9楼2016-02-25 14:44:26
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992648352

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
sys_gintama: 金币+2, 有帮助 2016-03-13 12:29:11
引用回帖:
9楼: Originally posted by sys_gintama at 2016-02-25 14:44:26
嗯嗯,我也用analyse_movie这个towhee自带的RDF程序处理了,但是好像结果也不太理想,而且横坐标只能看到截断半径,截断半径之后的图像得不到。。。您能留个联系方式么?QQ或者邮箱都行,我可以给您发一点儿我的计 ...

模拟的阶段半径和计算RDF的阶段半径可以不同吧,可以重新设置吧!
10楼2016-02-25 23:29:25
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