24小时热门版块排行榜    

查看: 2022  |  回复: 7
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

ShawnXu1986

新虫 (初入文坛)

[交流] 水分子模拟,如何解决由于正负电荷点过于靠近导致的平均动能过大问题?

各位前辈,大家好。

小弟自己写了个水分子模拟程序,NVE ensemble,使用了TIP3P, TIP5P水分子模型。在计算库仑力时使用的是Ewald summation。

在这两个模型中,正电荷位于H原子上,负电荷位于O原子上或者M site上。当O 原子和H原子特别靠近时,由于正负电荷吸引,库仑力会使得这两个原子靠近,但越靠近库仑力越大,则两个原子更加靠近!! 由于LJ势能只应用在O-O 原子之间,所以没有排斥力使得这一对OH原子分开,这两种原子只能由极高的速度逃脱彼此,避免碰撞在一起。

但这就导致了整个系统的平均动能变得非常大,使得模拟的温度不合常理的高(大于10000K)。 

我想到的一个办法是在每一步都对速度进行等比缩小,使得系统平均动能给出的温度能够靠近我想要的温度(比如300K)。但这个办法并不可行。因为两个电荷点避免碰撞在一起需要两个电荷点有较高的速度,如果没有速度,那么这两个电荷就最终重叠到一起了,使得计算崩溃。

请各位能够帮帮我,支出我的理解是否有误,并请给我指出正确的方向,非常感谢
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jerkwin

专家顾问 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
我怀疑你使用的势函数不对, 一般使用这两个水模型时都是刚性的, 而且不会出现你说的那种情况. 建议你仔细检查先所用的参数对不对. 是不是单位弄错了.
7楼2015-12-18 12:24:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答

mzhyan

至尊木虫 (文坛精英)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
还是祝福吧,呵呵呵呵呵呵呵呵呵呵。
3楼2015-12-14 13:56:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

luojing1336

银虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
可以考虑使用 速度-温度修正公式
5楼2015-12-17 12:59:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Ninazizi

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
加上O-H作用的LJ势。。。。
6楼2015-12-17 15:48:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 面上合作单位盖章 +6 ssyjh 2026-08-27 9/450 2026-09-01 20:01 by huagongfeihu
[基金申请] 面上函评意见出来了,像什么等级? 20+4 Tsingking1 2026-08-27 17/850 2026-09-01 19:51 by 超级无敌华子
[基金申请] 为什么国自然不能直接公布 +5 bjdxyxy 2026-08-26 5/250 2026-09-01 17:54 by 小伟大博士
[文学芳草园] 梦想 +5 myrtle 2026-08-26 7/350 2026-09-01 15:18 by myrtle
[论文投稿] 小白求助 投论文要求的highlights应该如何写 5+3 l1963982152 2026-08-29 4/200 2026-09-01 09:04 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +6 叶九微 2026-08-26 6/300 2026-08-31 23:54 by yudaoqian88
[基金申请] 面上意见出来了 +12 黄鸟于飞Chao 2026-08-29 23/1150 2026-08-31 18:57 by 黄鸟于飞Chao
[基金申请] 能否申诉? +7 echo8914667 2026-08-30 8/400 2026-08-31 17:00 by yihongxu
[基金申请] 为什么到现在没收到通知? +5 tannykie 2026-08-29 5/250 2026-08-30 21:05 by purplejack
[基金申请] 有没有仍没收到信息的 +7 德尚中行 2026-08-27 8/400 2026-08-30 20:52 by purplejack
[基金申请] 国自然评审意见 +13 wangmingqi 2026-08-28 19/950 2026-08-29 10:22 by Poppy1104
[基金申请] 2026年叶企孙基金 +4 bud_bud 2026-08-27 7/350 2026-08-29 07:23 by foolishmani
[基金申请] 怎么查啊 +6 huang1991js 2026-08-26 6/300 2026-08-28 08:42 by winsaint
[基金申请] 看板上这么多中的,有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +5 a089 2026-08-26 6/300 2026-08-27 14:05 by jonewore
[基金申请] 我不理解! +15 Edward_pc 2026-08-26 23/1150 2026-08-26 20:34 by zzuzxg
[基金申请] 出来了 +9 trojank 2026-08-26 9/450 2026-08-26 14:25 by 宝贝虫子
[基金申请] 国合里面能看到了 +7 一怀馨秋 2026-08-26 7/350 2026-08-26 11:23 by zhaosm1982
[基金申请] 国际合作可查了,中了面上 (EPI+1)(金币+50) +18 Ldrop2023 2026-08-26 18/900 2026-08-26 11:15 by cmrandy
[基金申请] 国合可查了 +3 paperzjh 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:41 by LemmonTr
[基金申请] 牛来!米来!面来! +8 beefly 2026-08-26 8/400 2026-08-26 08:37 by xuzhipiao
信息提示
请填处理意见