| 查看: 1936 | 回复: 7 | |||
ShawnXu1986新虫 (初入文坛)
|
[交流]
水分子模拟，如何解决由于正负电荷点过于靠近导致的平均动能过大问题？
|
|
各位前辈，大家好。 小弟自己写了个水分子模拟程序，NVE ensemble，使用了TIP3P, TIP5P水分子模型。在计算库仑力时使用的是Ewald summation。 在这两个模型中，正电荷位于Ｈ原子上，负电荷位于Ｏ原子上或者Ｍ site上。当O 原子和Ｈ原子特别靠近时，由于正负电荷吸引，库仑力会使得这两个原子靠近，但越靠近库仑力越大，则两个原子更加靠近！！ 由于LJ势能只应用在O-O 原子之间，所以没有排斥力使得这一对ＯＨ原子分开，这两种原子只能由极高的速度逃脱彼此，避免碰撞在一起。 但这就导致了整个系统的平均动能变得非常大，使得模拟的温度不合常理的高（大于10000Ｋ）。 我想到的一个办法是在每一步都对速度进行等比缩小，使得系统平均动能给出的温度能够靠近我想要的温度（比如300K）。但这个办法并不可行。因为两个电荷点避免碰撞在一起需要两个电荷点有较高的速度，如果没有速度，那么这两个电荷就最终重叠到一起了，使得计算崩溃。 请各位能够帮帮我，支出我的理解是否有误，并请给我指出正确的方向，非常感谢  |
回复此楼» 猜你喜欢
售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急
已经有11人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有14人回复
-
面上再次挂了，太难了，躺也躺不了，倦也卷不过，小学校之殇！
已经有26人回复
-
面上提前没消息，有中的吗
已经有18人回复
-
纯娱乐，不喜欢勿喷
已经有9人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急
已经有5人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急
已经有6人回复
-
售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急
已经有7人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急
已经有8人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急
已经有8人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 水分子使用write_restart命令出现异样，有图有真相！！！！
已经有2人回复
- 皮卡丘细菌”：别人吃饭，我“吃”电
已经有3人回复
- Amber 分子动力学 求助！！！！
已经有10人回复
- 山东高考化学研究
已经有4人回复
- lammps 怪现象
已经有3人回复
- IOS Press Journals简介1
已经有3人回复
- 【推荐】最强的生物燃料——“藻类”
已经有28人回复
- 【资源】液相色谱常见问题及处理方法
已经有43人回复
ShawnXu1986
新虫 (初入文坛)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 143.5
- 帖子: 3
- 在线: 3.8小时
- 虫号: 4284972
- 注册: 2015-12-13
- 专业: 计算数学与科学工程计算
2楼2015-12-14 13:37:12
mzhyan
至尊木虫 (文坛精英)
- 应助: 712 (博后)
- 金币: 37461.7
- 红花: 24
- 帖子: 45756
- 在线: 287.3小时
- 虫号: 1191620
- 注册: 2011-01-18
- 专业: 环境污染化学
3楼2015-12-14 13:56:38
纳米之心
木虫 (文坛精英)
- 应助: 10 (幼儿园)
- 金币: 3978.7
- 散金: 4216
- 红花: 25
- 帖子: 12436
- 在线: 339.5小时
- 虫号: 2445904
- 注册: 2013-05-03
- 专业: 细胞信号转导
4楼2015-12-14 14:25:12
5楼2015-12-17 12:59:39
6楼2015-12-17 15:48:26
jerkwin
专家顾问 (正式写手)
-
专家经验: +14 - 应助: 454 (硕士)
- 金币: 20659.1
- 散金: 148
- 红花: 81
- 帖子: 813
- 在线: 2648.7小时
- 虫号: 1023452
- 注册: 2010-05-19
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
7楼2015-12-18 12:24:21
ShawnXu1986
新虫 (初入文坛)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 143.5
- 帖子: 3
- 在线: 3.8小时
- 虫号: 4284972
- 注册: 2015-12-13
- 专业: 计算数学与科学工程计算
|
非常感谢楼上各位的回复 经过这几天的研究，我发现导致系统平均动能非常高的是由极高的LJ势能导致的（当我不计算库仑力，只计算ＬＪ力时，系统还是具有极高的平均动能）。原因为：当原子间距离小于sigma时，LJ势能对距离非常敏感，随距离减小急速升高。而我在对系统进行初始化时，各个分子在计算区域中是随机分布的，这导致有可能两个Ｏ原子时间距离很小。 由于我用的时NVE ensemble, 要达到想要的温度，解决这个问题的办法就是进行速度等比缩小。这样由势能转化为的动能被人工冷却。在我的求助贴中，我提到这个办法不可行，其实是由于我的程序中关于缩小速度的部分没有写正确导致的，misleading 请各位谅解。现在我的程序已经能够正确运行计算比热，能够得到正确的结果。 在TIP3P和TIP5P中，虽然没有O-H作用的LJ势，但是O-Ｏ原子间的LJ势是能够抵抗O-H之间的库仑力的。我对我的程序进行测试发现，当不加LJ势时，系统平均动能会越来越大，最终计算崩溃。但加上LJ势后，系统会达到平衡。 |
8楼2015-12-19 11:09:18
