| 查看: 1667 | 回复: 7 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
ShawnXu1986新虫 (初入文坛)
|
[交流]
水分子模拟,如何解决由于正负电荷点过于靠近导致的平均动能过大问题?
|
||
|
各位前辈,大家好。 小弟自己写了个水分子模拟程序,NVE ensemble,使用了TIP3P, TIP5P水分子模型。在计算库仑力时使用的是Ewald summation。 在这两个模型中,正电荷位于H原子上,负电荷位于O原子上或者M site上。当O 原子和H原子特别靠近时,由于正负电荷吸引,库仑力会使得这两个原子靠近,但越靠近库仑力越大,则两个原子更加靠近!! 由于LJ势能只应用在O-O 原子之间,所以没有排斥力使得这一对OH原子分开,这两种原子只能由极高的速度逃脱彼此,避免碰撞在一起。 但这就导致了整个系统的平均动能变得非常大,使得模拟的温度不合常理的高(大于10000K)。 我想到的一个办法是在每一步都对速度进行等比缩小,使得系统平均动能给出的温度能够靠近我想要的温度(比如300K)。但这个办法并不可行。因为两个电荷点避免碰撞在一起需要两个电荷点有较高的速度,如果没有速度,那么这两个电荷就最终重叠到一起了,使得计算崩溃。 请各位能够帮帮我,支出我的理解是否有误,并请给我指出正确的方向,非常感谢 |
» 猜你喜欢
垃圾破二本职称评审标准
已经有19人回复
职称评审没过,求安慰
已经有53人回复
毕业后当辅导员了,天天各种学生超烦
已经有5人回复
26申博自荐
已经有3人回复
A期刊撤稿
已经有4人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:
水分子使用write_restart命令出现异样,有图有真相!!!!
已经有2人回复
皮卡丘细菌”:别人吃饭,我“吃”电
已经有3人回复
Amber 分子动力学 求助!!!!
已经有10人回复
山东高考化学研究
已经有4人回复
lammps 怪现象
已经有3人回复
IOS Press Journals简介1
已经有3人回复
【推荐】最强的生物燃料——“藻类”
已经有28人回复
【资源】液相色谱常见问题及处理方法
已经有43人回复
5楼2015-12-17 12:59:39
mzhyan
至尊木虫 (文坛精英)
- 应助: 712 (博后)
- 金币: 37461.7
- 红花: 24
- 帖子: 45756
- 在线: 287.3小时
- 虫号: 1191620
- 注册: 2011-01-18
- 专业: 环境污染化学
3楼2015-12-14 13:56:38
6楼2015-12-17 15:48:26
jerkwin
专家顾问 (正式写手)
-

专家经验: +14 - 应助: 454 (硕士)
- 金币: 20699.1
- 散金: 148
- 红花: 81
- 帖子: 813
- 在线: 2648.3小时
- 虫号: 1023452
- 注册: 2010-05-19
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
7楼2015-12-18 12:24:21













回复此楼