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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 求教vasp中的PBS脚本如何实现循环？
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635585968

银虫 (正式写手)

[交流] 求教vasp中的PBS脚本如何实现循环？ 已有4人参与

比如我想实现以下的循环，用PBS脚本提交任务的话，应该怎么编写？
新人，没金币，不好意思了
#!/bin/sh
rm WAVECAR
for i in 150 200 250 300 350 400
do
cat > INCAR <<!
SYSTEM = Si-Diamond
ENCUT = $i
ISTART = 0 ; ICHARG = 2
ISMEAR = -5
PREC = Accurate
!
echo "ENCUT = $i eV" ; time vasp
E=‘grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk ’{printf "%12.6f \n", $5 }’‘
echo $i $E >>comment
done
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1楼 2015-12-10 21:54:03
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afan0012

木虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
cat > INCAR <<!，这里我都是写成cat > INCAR <<EOF，不知道有什么区别。准备好输入文件，再加上qsub命令就可以了。比如cat INCAR 结束后，加上qsub job.pbs(即提交任务用的脚本)。
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2楼2015-12-11 08:44:56
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635585968

银虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by afan0012 at 2015-12-11 08:44:56
cat > INCAR <<!，这里我都是写成cat > INCAR <<EOF，不知道有什么区别。准备好输入文件，再加上qsub命令就可以了。比如cat INCAR 结束后，加上qsub job.pbs(即提交任务用的脚本)。

没太看懂，到底qsub job.pbs加在哪呢？
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3楼2015-12-14 19:39:49
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busstop

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
4楼2015-12-15 16:18:33
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jiangph

铁虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
大致就是你写的这样，但是要加vasp运行的命令
手机回复，不方便添加我自己的脚本，如果有需要的话回头给你贴一个

发自小木虫IOS客户端
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5楼2015-12-15 21:22:25
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635585968

银虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by jiangph at 2015-12-15 21:22:25
大致就是你写的这样，但是要加vasp运行的命令
手机回复，不方便添加我自己的脚本，如果有需要的话回头给你贴一个

不是啊，我这是sh的脚本，我们提交作业用的是PBS脚本
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6楼2015-12-15 23:59:00
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jiangph

铁虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
6楼: Originally posted by 635585968 at 2015-12-15 23:59:00
不是啊，我这是sh的脚本，我们提交作业用的是PBS脚本...

PBS脚本不是shell脚本么？
这是我们用来测试K点的脚本，题主可以参考一下

#!/bin/bash
#PBS -N kpoints
#PBS -j oe
#PBS -l nodes=2:ppn=20
#PBS -l walltime=800:00:00
#PBS -q lhj

nprocs=`wc -l < $PBS_NODEFILE`
cd $PBS_O_WORKDIR

for i in 3 5 7 9 11 13 15
do
cat >KPOINTS <<!
auto generate
0
M
$i $i 1
0 0 0
!

/public/intel/impi/4.1.0.024/intel64/bin/mpirun -np $nprocs   ~/bin/vasp.5.3

E=`grep "entropy =" OUTCAR |tail -1| awk '{printf "%12.6f \n",$5}'`

echo $i  $E >>newkpoints
rm WAVECAR CHG*
done
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7楼2015-12-16 09:58:00
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635585968

银虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by jiangph at 2015-12-16 09:58:00
PBS脚本不是shell脚本么？
这是我们用来测试K点的脚本，题主可以参考一下

#!/bin/bash
#PBS -N kpoints
#PBS -j oe
#PBS -l nodes=2:ppn=20
#PBS -l walltime=800:00:00
#PBS -q lhj

nprocs=`wc -l &l ...

谢了，我去算下
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8楼2015-12-16 22:03:42
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qiqiangong

铁虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
楼主请问能提供一下正确的脚本吗？不胜感激，这个问题已经困扰很久了。
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9楼2019-10-02 15:17:05
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qiqiangong

铁虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
因为总是要么不运行要么运行出来是错的
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10楼2019-10-02 15:34:18
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