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银虫 (正式写手)

[交流] 求教vasp中的PBS脚本如何实现循环? 已有4人参与

比如我想实现以下的循环,用PBS脚本提交任务的话,应该怎么编写?
新人,没金币,不好意思了
#!/bin/sh
rm WAVECAR
for i in 150 200 250 300 350 400
do
cat > INCAR <<!
SYSTEM = Si-Diamond
ENCUT = $i
ISTART = 0 ; ICHARG = 2
ISMEAR = -5
PREC = Accurate
!
echo "ENCUT = $i eV" ; time vasp
E=‘grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk ’{printf "%12.6f \n", $5 }’‘
echo $i $E >>comment
done
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银虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by afan0012 at 2015-12-11 08:44:56
cat > INCAR <<!,这里我都是写成cat > INCAR <<EOF,不知道有什么区别。准备好输入文件,再加上qsub命令就可以了。比如cat INCAR 结束后,加上qsub job.pbs(即提交任务用的脚本)。

没太看懂,到底qsub job.pbs加在哪呢?
3楼2015-12-14 19:39:49
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银虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by jiangph at 2015-12-15 21:22:25
大致就是你写的这样,但是要加vasp运行的命令
手机回复,不方便添加我自己的脚本,如果有需要的话回头给你贴一个

不是啊,我这是sh的脚本,我们提交作业用的是PBS脚本
6楼2015-12-15 23:59:00
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银虫 (正式写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by jiangph at 2015-12-16 09:58:00
PBS脚本不是shell脚本么?
这是我们用来测试K点的脚本,题主可以参考一下

#!/bin/bash
#PBS -N kpoints
#PBS -j oe
#PBS -l nodes=2:ppn=20
#PBS -l walltime=800:00:00
#PBS -q lhj

nprocs=`wc -l &l ...

谢了,我去算下
8楼2015-12-16 22:03:42
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