24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 3406  |  回复: 9
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

635585968

银虫 (正式写手)

[交流] 求教vasp中的PBS脚本如何实现循环? 已有4人参与

比如我想实现以下的循环,用PBS脚本提交任务的话,应该怎么编写?
新人,没金币,不好意思了
#!/bin/sh
rm WAVECAR
for i in 150 200 250 300 350 400
do
cat > INCAR <<!
SYSTEM = Si-Diamond
ENCUT = $i
ISTART = 0 ; ICHARG = 2
ISMEAR = -5
PREC = Accurate
!
echo "ENCUT = $i eV" ; time vasp
E=‘grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk ’{printf "%12.6f \n", $5 }’‘
echo $i $E >>comment
done
回复此楼

» 猜你喜欢

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiangph

铁虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
6楼: Originally posted by 635585968 at 2015-12-15 23:59:00
不是啊,我这是sh的脚本,我们提交作业用的是PBS脚本...

PBS脚本不是shell脚本么?
这是我们用来测试K点的脚本,题主可以参考一下

#!/bin/bash
#PBS -N kpoints
#PBS -j oe
#PBS -l nodes=2:ppn=20
#PBS -l walltime=800:00:00
#PBS -q lhj

nprocs=`wc -l < $PBS_NODEFILE`
cd $PBS_O_WORKDIR

for i in 3 5 7 9 11 13 15
do
cat >KPOINTS <<!
auto generate
0
M
$i $i 1
0 0 0
!

/public/intel/impi/4.1.0.024/intel64/bin/mpirun -np $nprocs   ~/bin/vasp.5.3

E=`grep "entropy =" OUTCAR |tail -1| awk '{printf "%12.6f \n",$5}'`

echo $i  $E >>newkpoints
rm WAVECAR CHG*
done
7楼2015-12-16 09:58:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答

afan0012

木虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
cat > INCAR <<!,这里我都是写成cat > INCAR <<EOF,不知道有什么区别。准备好输入文件,再加上qsub命令就可以了。比如cat INCAR 结束后,加上qsub job.pbs(即提交任务用的脚本)。
2楼2015-12-11 08:44:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

635585968

银虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by afan0012 at 2015-12-11 08:44:56
cat > INCAR <<!,这里我都是写成cat > INCAR <<EOF,不知道有什么区别。准备好输入文件,再加上qsub命令就可以了。比如cat INCAR 结束后,加上qsub job.pbs(即提交任务用的脚本)。

没太看懂,到底qsub job.pbs加在哪呢?
3楼2015-12-14 19:39:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiangph

铁虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
大致就是你写的这样,但是要加vasp运行的命令
手机回复,不方便添加我自己的脚本,如果有需要的话回头给你贴一个

发自小木虫IOS客户端
5楼2015-12-15 21:22:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿郑大材料工程290求调剂 +4 Youth_ 2026-03-30 4/200 2026-03-30 13:09 by JourneyLucky
[考研] 085701求调剂初试286分 +5 secret0328 2026-03-28 5/250 2026-03-30 12:54 by fangnagu
[考研] 283求调剂(080500) +14 A child 2026-03-27 14/700 2026-03-30 12:06 by 探123
[考研] 332求调剂 +6 Lyy930824@ 2026-03-29 6/300 2026-03-30 10:53 by 1172367218
[考研] 349求调剂 +6 李木子啊哈哈 2026-03-25 6/300 2026-03-29 12:47 by 无际的草原
[考研] 343求调剂 +6 爱羁绊 2026-03-29 6/300 2026-03-29 12:00 by 无际的草原
[考研] 调剂考研 +3 王杰一 2026-03-29 3/150 2026-03-29 08:09 by fmesaito
[硕博家园] 招收生物学/细胞生物学调剂 +4 IceGuo 2026-03-26 5/250 2026-03-29 01:25 by griffith2014
[考研] 295材料工程专硕求调剂 +7 1428151015 2026-03-27 7/350 2026-03-28 19:58 by S240
[考研] 食品工程专硕一志愿中海洋309求调剂 +4 小张zxy张 2026-03-26 8/400 2026-03-28 19:25 by lbsjt
[考研] 317求调剂 +6 十闲wx 2026-03-24 6/300 2026-03-28 13:27 by Iveryant
[考研] 一志愿南京航空航天大学材料学硕求调剂 +3 @taotao 2026-03-28 3/150 2026-03-28 10:26 by JourneyLucky
[考研] 085701环境工程求调剂 +9 多久上课 2026-03-27 9/450 2026-03-28 03:58 by fmesaito
[考研] 070300化学求调剂 +4 起个名咋这么难 2026-03-27 4/200 2026-03-27 21:39 by 83503孙老师
[考研] 07化学280分求调剂 +10 722865 2026-03-23 10/500 2026-03-27 15:51 by Plutoqq
[考研] 321求调剂 +6 wasdssaa 2026-03-26 6/300 2026-03-26 20:57 by sanrepian
[考研] 327求调剂 +7 prayer13 2026-03-23 7/350 2026-03-26 20:48 by 不吃魚的貓
[考研] 081200-11408-276学硕求调剂 +3 崔wj 2026-03-26 3/150 2026-03-26 19:57 by nihaoar
[考研] 材料调剂 5+4 想要一壶桃花水 2026-03-25 10/500 2026-03-26 19:56 by 不吃魚的貓
[考研] 328求调剂 +4 LHHL66 2026-03-23 4/200 2026-03-23 14:55 by lbsjt
信息提示
请填处理意见