应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 求教vasp中的PBS脚本如何实现循环？
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
101/1返回列表
查看: 3409  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

635585968

银虫 (正式写手)

[交流] 求教vasp中的PBS脚本如何实现循环？ 已有4人参与

比如我想实现以下的循环，用PBS脚本提交任务的话，应该怎么编写？
新人，没金币，不好意思了
#!/bin/sh
rm WAVECAR
for i in 150 200 250 300 350 400
do
cat > INCAR <<!
SYSTEM = Si-Diamond
ENCUT = $i
ISTART = 0 ; ICHARG = 2
ISMEAR = -5
PREC = Accurate
!
echo "ENCUT = $i eV" ; time vasp
E=‘grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk ’{printf "%12.6f \n", $5 }’‘
echo $i $E >>comment
done
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2015-12-10 21:54:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

afan0012

木虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
cat > INCAR <<!，这里我都是写成cat > INCAR <<EOF，不知道有什么区别。准备好输入文件，再加上qsub命令就可以了。比如cat INCAR 结束后，加上qsub job.pbs(即提交任务用的脚本)。
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2015-12-11 08:44:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

635585968

银虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by afan0012 at 2015-12-11 08:44:56
cat > INCAR <<!，这里我都是写成cat > INCAR <<EOF，不知道有什么区别。准备好输入文件，再加上qsub命令就可以了。比如cat INCAR 结束后，加上qsub job.pbs(即提交任务用的脚本)。

没太看懂，到底qsub job.pbs加在哪呢？
赞一下 回复此楼
3楼2015-12-14 19:39:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

busstop

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
4楼2015-12-15 16:18:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiangph

铁虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
大致就是你写的这样，但是要加vasp运行的命令
手机回复，不方便添加我自己的脚本，如果有需要的话回头给你贴一个

发自小木虫IOS客户端
赞一下 回复此楼
5楼2015-12-15 21:22:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

635585968

银虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by jiangph at 2015-12-15 21:22:25
大致就是你写的这样，但是要加vasp运行的命令
手机回复，不方便添加我自己的脚本，如果有需要的话回头给你贴一个

不是啊，我这是sh的脚本，我们提交作业用的是PBS脚本
赞一下 回复此楼
6楼2015-12-15 23:59:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiangph

铁虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
6楼: Originally posted by 635585968 at 2015-12-15 23:59:00
不是啊，我这是sh的脚本，我们提交作业用的是PBS脚本...

PBS脚本不是shell脚本么？
这是我们用来测试K点的脚本，题主可以参考一下

#!/bin/bash
#PBS -N kpoints
#PBS -j oe
#PBS -l nodes=2:ppn=20
#PBS -l walltime=800:00:00
#PBS -q lhj

nprocs=`wc -l < $PBS_NODEFILE`
cd $PBS_O_WORKDIR

for i in 3 5 7 9 11 13 15
do
cat >KPOINTS <<!
auto generate
0
M
$i $i 1
0 0 0
!

/public/intel/impi/4.1.0.024/intel64/bin/mpirun -np $nprocs   ~/bin/vasp.5.3

E=`grep "entropy =" OUTCAR |tail -1| awk '{printf "%12.6f \n",$5}'`

echo $i  $E >>newkpoints
rm WAVECAR CHG*
done
赞一下(1人) 回复此楼
7楼2015-12-16 09:58:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

635585968

银虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by jiangph at 2015-12-16 09:58:00
PBS脚本不是shell脚本么？
这是我们用来测试K点的脚本，题主可以参考一下

#!/bin/bash
#PBS -N kpoints
#PBS -j oe
#PBS -l nodes=2:ppn=20
#PBS -l walltime=800:00:00
#PBS -q lhj

nprocs=`wc -l &l ...

谢了，我去算下
回复此楼
8楼2015-12-16 22:03:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qiqiangong

铁虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
楼主请问能提供一下正确的脚本吗？不胜感激，这个问题已经困扰很久了。
赞一下 回复此楼
9楼2019-10-02 15:17:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qiqiangong

铁虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
因为总是要么不运行要么运行出来是错的
赞一下 回复此楼
10楼2019-10-02 15:34:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 635585968 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 328求调剂 +8 嗯滴的基本都 2026-03-27 8/400 2026-03-30 17:20 by Wang200018
[考研] 求调剂 +7 青春裁为三截 2026-03-29 7/350 2026-03-30 13:14 by laoshidan
[考研] 085701求调剂初试286分 +5 secret0328 2026-03-28 5/250 2026-03-30 12:54 by fangnagu
[考研] 0703化学 +14 妮妮ninicgb 2026-03-27 14/700 2026-03-30 12:46 by fangnagu
[考研] 0703化学/290求调剂/本科经历丰富/工科也可 +13 丹青奶盖 2026-03-26 15/750 2026-03-30 12:35 by fangnagu
[考研] 348求调剂 +6 小懒虫不懒了 2026-03-28 6/300 2026-03-30 10:29 by Evan_Liu
[考研] 337求调剂 +6 《树》 2026-03-29 6/300 2026-03-30 10:15 by herarysara
[考研] 0856求调剂 +8 楒桉 2026-03-28 8/400 2026-03-30 10:00 by wzy-lxz
[考研] 086000生物与医药调剂 +5 Feisty。 2026-03-28 9/450 2026-03-29 12:02 by longlotian
[考研] 调剂求院校招收 +6 鹤鲸鸽 2026-03-28 6/300 2026-03-29 08:15 by fmesaito
[考研] 一志愿太原理工安全工程300分，求调剂 +5 0857求调剂. 2026-03-24 6/300 2026-03-28 22:04 by zhq0425
[考研] 求调剂 +7 争取九点睡 2026-03-28 8/400 2026-03-28 21:07 by 争取九点睡
[考研] 304求调剂 +6 曼殊2266 2026-03-27 6/300 2026-03-28 14:10 by 唐沐儿
[考研] 331环境科学与工程求调剂 +3 熠然好运气 2026-03-27 3/150 2026-03-28 04:11 by fmesaito
[考研] 352分 化工与材料 +5 海纳百川Ly 2026-03-27 5/250 2026-03-28 03:39 by fmesaito
[考研] 安徽大学专硕生物与医药专业(086000)324分，英语已过四六级，六级521，求调剂 +4 美味可乐鸡翅 2026-03-26 4/200 2026-03-27 15:27 by 星空星月
[考研] 279 分 求调剂 +4 睡个好觉_16 2026-03-24 4/200 2026-03-27 15:05 by 醉在风里
[考研] 求调剂 一志愿 本科 北科大 化学 343 +6 13831862839 2026-03-24 7/350 2026-03-26 22:57 by 不吃魚的貓
[考研] 080500求调剂 +3 zzzzfan 2026-03-24 3/150 2026-03-24 16:38 by barlinike
[考研] 277分求调剂，跨调材料 +3 考研调剂lxh 2026-03-24 3/150 2026-03-24 13:52 by JourneyLucky
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭