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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » gromacs分子动力学模拟
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lmh4518

新虫 (初入文坛)

[求助] gromacs分子动力学模拟 已有3人参与

跑了50ns的动力学模拟，在过程中蛋白质的链发生了断裂，但是最后得到的复合物结构中蛋白质结构又变为正常了，这是为什么？

gromacs分子动力学模拟
动力学过程中蛋白质.jpg


gromacs分子动力学模拟-1
模拟后复合物.jpg
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1楼 2015-12-09 10:40:40
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lmh4518

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by hzh887 at 2015-12-12 13:10:55
你需要恢复下  看形成noPBC的文件

你说的恢复是怎么弄啊？
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3楼2015-12-14 11:24:28
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查看全部 6 个回答

hzh887

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
lmh4518: 金币+1, ★有帮助 2015-12-14 11:23:36
你需要恢复下  看形成noPBC的文件
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南京
2楼2015-12-12 13:10:55
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lmh4518

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by hzh887 at 2015-12-12 13:10:55
你需要恢复下  看形成noPBC的文件

出现了这样的情况是参数设置的不正确吗？但是计算的三个分子50ns构象的能量和氢键都跟IC50值能够对上，只是中间过程出现了上图中的那种情况。
赞一下 回复此楼
4楼2015-12-14 11:27:24
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astrozheng

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

这不是参数设定的问题。
这是你文件输出的问题。这是边界周期性条件。你要看到正常 的蛋白质，应该用trjconv输出的时候，选择 trjconv -s md.tpr -f md.gro -n index.ndx -pbc mol -ur compact -o md.pdb
你仔细读读trjconv的manul， 然后输出的时候保持蛋白质完整，就不会看到第一个图那样的结果了。多问问，多讨论。
赞一下 回复此楼
个人签名用英文会没有空格，真是个bug.
5楼2015-12-15 12:26:26
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