24小时热门版块排行榜    

查看: 1934  |  回复: 5

lmh4518

新虫 (初入文坛)

[求助] gromacs分子动力学模拟 已有3人参与

跑了50ns的动力学模拟,在过程中蛋白质的链发生了断裂,但是最后得到的复合物结构中蛋白质结构又变为正常了,这是为什么?

gromacs分子动力学模拟
动力学过程中蛋白质.jpg


gromacs分子动力学模拟-1
模拟后复合物.jpg
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hzh887

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


lmh4518: 金币+1, 有帮助 2015-12-14 11:23:36
你需要恢复下  看形成noPBC的文件
南京
2楼2015-12-12 13:10:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lmh4518

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by hzh887 at 2015-12-12 13:10:55
你需要恢复下  看形成noPBC的文件

你说的恢复是怎么弄啊?
3楼2015-12-14 11:24:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lmh4518

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by hzh887 at 2015-12-12 13:10:55
你需要恢复下  看形成noPBC的文件

出现了这样的情况是参数设置的不正确吗?但是计算的三个分子50ns构象的能量和氢键都跟IC50值能够对上,只是中间过程出现了上图中的那种情况。
4楼2015-12-14 11:27:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

astrozheng

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

这不是参数设定的问题。
这是你文件输出的问题。这是边界周期性条件。你要看到正常 的蛋白质,应该用trjconv输出的时候,选择 trjconv -s md.tpr -f md.gro -n index.ndx -pbc mol -ur compact -o md.pdb
你仔细读读trjconv的manul, 然后输出的时候保持蛋白质完整,就不会看到第一个图那样的结果了。多问问,多讨论。
个人签名用英文会没有空格,真是个bug.
5楼2015-12-15 12:26:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

怜星追月

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

这个应该是周期性边界导致的显示问题,模拟盒子稍微加大一些就可以了。

发自小木虫IOS客户端
倚天照海花无数,流水山高心自如!
6楼2015-12-16 00:13:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 lmh4518 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 这样的filecode谁见过 +7 布布和一二 2026-08-08 13/650 2026-08-09 10:37 by 布布和一二
[基金申请] 关于filecode,很负责任的告诉大家 +6 爱看书的可乐 2026-08-08 7/350 2026-08-08 22:13 by a_niu
[考博] 【2027博士申请】纳米药物递送方向 20+3 13586093586 2026-08-03 5/250 2026-08-08 21:54 by 13586093586
[基金申请] 2026国自然放榜时间 +3 布布和一二 2026-08-08 3/150 2026-08-08 18:15 by Lightingo
[考博] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 Vi50GxzrFcSG 2026-08-07 4/200 2026-08-08 16:22 by oEVWOejN9taj
[博后之家] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 Vi50GxzrFcSG 2026-08-07 4/200 2026-08-08 16:02 by oEVWOejN9taj
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 Vi50GxzrFcSG 2026-08-07 5/250 2026-08-08 15:59 by oEVWOejN9taj
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 WQyTGMbfH7Cx 2026-08-07 4/200 2026-08-08 15:02 by oEVWOejN9taj
[基金申请] fileCode有新解读? +9 Tide man 2026-08-08 17/850 2026-08-08 14:56 by archvillain
[硕博家园] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 HEQlVqMTIA7d 2026-08-07 6/300 2026-08-08 14:47 by oEVWOejN9taj
[硕博家园] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 Vi50GxzrFcSG 2026-08-07 6/300 2026-08-08 10:19 by 3OOjAIS77qg2
[考博] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 HEQlVqMTIA7d 2026-08-07 3/150 2026-08-08 03:47 by 6vVgjDL4CnGu
[基金申请] 关于filecode +4 布布和一二 2026-08-07 7/350 2026-08-07 22:55 by zhanghaozhu
[基金申请] 娱乐 +6 Tide man 2026-08-03 6/300 2026-08-07 22:40 by 铁帽子农民
[基金申请] 固定端突然变了,今天 +6 archvillain 2026-08-06 10/500 2026-08-07 16:03 by 医学老男孩
[基金申请] 大家散了吧,后缀研究没有意义,别浪费时间了,过好目前的每一天,不要焦虑 +5 Tide man 2026-08-06 7/350 2026-08-07 13:11 by 医学老男孩
[基金申请] filecode +14 等待解的谜 2026-08-06 19/950 2026-08-07 12:20 by wlwhappy
[基金申请] 影响面上的因素 +8 布布和一二 2026-08-05 11/550 2026-08-06 10:41 by 宝贝虫子
[基金申请] 8月时间戳变的,举个手。玩一下,释放压力 +9 archvillain 2026-08-04 11/550 2026-08-05 20:06 by wlwhappy
[基金申请] 好消息?这个有何含义??? +8 Tide man 2026-08-05 10/500 2026-08-05 16:14 by xmuxiaoyu
信息提示
请填处理意见