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1楼2015-12-09 10:40:40

hzh887

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【答案】应助回帖

★
lmh4518: 金币+1, ★有帮助 2015-12-14 11:23:36

你需要恢复下看形成noPBC的文件

南京

2楼2015-12-12 13:10:55

lmh4518

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引用回帖:

2楼: Originally posted by hzh887 at 2015-12-12 13:10:55
你需要恢复下看形成noPBC的文件

你说的恢复是怎么弄啊？

3楼2015-12-14 11:24:28

lmh4518

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2楼: Originally posted by hzh887 at 2015-12-12 13:10:55
你需要恢复下看形成noPBC的文件

出现了这样的情况是参数设置的不正确吗？但是计算的三个分子50ns构象的能量和氢键都跟IC50值能够对上，只是中间过程出现了上图中的那种情况。

4楼2015-12-14 11:27:24

astrozheng

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【答案】应助回帖

这不是参数设定的问题。
这是你文件输出的问题。这是边界周期性条件。你要看到正常的蛋白质，应该用trjconv输出的时候，选择 trjconv -s md.tpr -f md.gro -n index.ndx -pbc mol -ur compact -o md.pdb
你仔细读读trjconv的manul，然后输出的时候保持蛋白质完整，就不会看到第一个图那样的结果了。多问问，多讨论。

个人签名用英文会没有空格，真是个bug.

5楼2015-12-15 12:26:26

怜星追月

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【答案】应助回帖

这个应该是周期性边界导致的显示问题，模拟盒子稍微加大一些就可以了。

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倚天照海花无数，流水山高心自如！

6楼2015-12-16 00:13:35