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蓝紫色玻璃心

新虫 (小有名气)

[求助] 水分子的添加

最近刚刚学习gromacs,按照网页上面的gromacs tutorial进行模拟蛋白与小分子之间的作用,到grompp那一步进行不动了,提示有错误,说是

Fatal error:
number of coordinates in coordinate file (solv.gro, 33049)
             does not match topology (topol.top, 33064)
这个说的是solv.gro 和Topol.top里面的数目不一样,但是我算了一下,相差的数目是我加进去的小分子的数目,我应该怎么改?求高人相助!
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
蓝紫色玻璃心(金币+5): 2011-12-02 14:53:33
chaizhm(金币+2): 2011-12-02 16:47:11
“相差的数目是我加进去的小分子的数目”,那你需要看看你的solv.gro 文件中是否有你所加的小分子?
要是你确定solv.gro 没有问题,那就手动修改topol.top 文件,使其中的分子个数与solv.gro相同。
2楼2011-12-02 11:46:55
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