24小时热门版块排行榜    

查看: 445  |  回复: 1

蓝紫色玻璃心

新虫 (小有名气)

[求助] 水分子的添加

最近刚刚学习gromacs,按照网页上面的gromacs tutorial进行模拟蛋白与小分子之间的作用,到grompp那一步进行不动了,提示有错误,说是

Fatal error:
number of coordinates in coordinate file (solv.gro, 33049)
             does not match topology (topol.top, 33064)
这个说的是solv.gro 和Topol.top里面的数目不一样,但是我算了一下,相差的数目是我加进去的小分子的数目,我应该怎么改?求高人相助!
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
蓝紫色玻璃心(金币+5): 2011-12-02 14:53:33
chaizhm(金币+2): 2011-12-02 16:47:11
“相差的数目是我加进去的小分子的数目”,那你需要看看你的solv.gro 文件中是否有你所加的小分子?
要是你确定solv.gro 没有问题,那就手动修改topol.top 文件,使其中的分子个数与solv.gro相同。
2楼2011-12-02 11:46:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 蓝紫色玻璃心 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 面上意见出来了 +8 黄鸟于飞Chao 2026-08-29 16/800 2026-08-29 20:45 by 黄鸟于飞Chao
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 11/550 2026-08-29 20:18 by 63GmZBFV29mG
[基金申请] 投票:  有多少人是今天查系统知道结果的? +16 爱看书的可乐 2026-08-26 18/900 2026-08-29 20:07 by winsaint
[考研] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 G6APbkg8SA6w 2026-08-29 3/150 2026-08-29 18:59 by 4FFAWE8HcgUD
[论文投稿] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 3/150 2026-08-29 18:26 by 4FFAWE8HcgUD
[公派出国] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +4 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 6/300 2026-08-29 17:30 by 4FFAWE8HcgUD
[基金申请] 麻烦专家们看看评委们的意见(F口面上) +5 gdd2018 2026-08-28 10/500 2026-08-29 14:10 by Jacob678
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 4/200 2026-08-29 14:02 by jCd0dEvKHShX
[基金申请] 我就是申请一个面上项目而已,这评审意见是按照杰青的条件评的吧? +6 gouxfjh 2026-08-28 9/450 2026-08-29 09:59 by jklily
[基金申请] 2026年叶企孙基金 +4 bud_bud 2026-08-27 7/350 2026-08-29 07:23 by foolishmani
[基金申请] 系统查不到 +11 董八千 2026-08-26 11/550 2026-08-28 18:06 by Leogzhya
[基金申请] 基金不中,共勉 +11 eulota 2026-08-26 11/550 2026-08-28 14:22 by 火星超人xi
[基金申请] 基金未中,这种答复是模板吗? +5 zhaosm1982 2026-08-27 6/300 2026-08-27 16:00 by lfy8008
[基金申请] 看板上这么多中的,有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +5 a089 2026-08-26 6/300 2026-08-27 14:05 by jonewore
[基金申请] 为什么 国际(地区)合作与交流项目 没有放榜? 10+3 majunge000 2026-08-26 11/550 2026-08-27 08:42 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 能否退出参与的面上项目解除限项 +23 koalala 2026-08-24 26/1300 2026-08-26 14:29 by 宝贝虫子
[基金申请] 出来了 +9 trojank 2026-08-26 9/450 2026-08-26 14:25 by 宝贝虫子
[基金申请] 国合里面能看到了 +7 一怀馨秋 2026-08-26 7/350 2026-08-26 11:23 by zhaosm1982
[基金申请] 国合现在查不到了吗? +10 chengyan1220 2026-08-24 20/1000 2026-08-26 08:57 by peasantsprig
[基金申请] 某些机构,以效率低为荣,以效率低作为存在感 +9 yuleib84 2026-08-25 10/500 2026-08-25 17:14 by alexon
信息提示
请填处理意见