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lmh4518

新虫 (初入文坛)

[求助] gromacs分子动力学模拟 已有3人参与

跑了50ns的动力学模拟,在过程中蛋白质的链发生了断裂,但是最后得到的复合物结构中蛋白质结构又变为正常了,这是为什么?

gromacs分子动力学模拟
动力学过程中蛋白质.jpg


gromacs分子动力学模拟-1
模拟后复合物.jpg
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hzh887

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


lmh4518: 金币+1, 有帮助 2015-12-14 11:23:36
你需要恢复下  看形成noPBC的文件
南京
2楼2015-12-12 13:10:55
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lmh4518

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by hzh887 at 2015-12-12 13:10:55
你需要恢复下  看形成noPBC的文件

你说的恢复是怎么弄啊?
3楼2015-12-14 11:24:28
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lmh4518

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by hzh887 at 2015-12-12 13:10:55
你需要恢复下  看形成noPBC的文件

出现了这样的情况是参数设置的不正确吗?但是计算的三个分子50ns构象的能量和氢键都跟IC50值能够对上,只是中间过程出现了上图中的那种情况。
4楼2015-12-14 11:27:24
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astrozheng

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

这不是参数设定的问题。
这是你文件输出的问题。这是边界周期性条件。你要看到正常 的蛋白质,应该用trjconv输出的时候,选择 trjconv -s md.tpr -f md.gro -n index.ndx -pbc mol -ur compact -o md.pdb
你仔细读读trjconv的manul, 然后输出的时候保持蛋白质完整,就不会看到第一个图那样的结果了。多问问,多讨论。
个人签名用英文会没有空格,真是个bug.
5楼2015-12-15 12:26:26
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怜星追月

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

这个应该是周期性边界导致的显示问题,模拟盒子稍微加大一些就可以了。

发自小木虫IOS客户端
倚天照海花无数,流水山高心自如!
6楼2015-12-16 00:13:35
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