| 查看: 1961 | 回复: 3 | |||
[交流]
vasp用的pbs脚本问题 已有2人参与
|
初学vasp，什么也不会 #PBS -N ws2 #PBS -l nodes=1:ppn=12 cd $PBS_O_WORKDIR cp $PBS_NODEFILE node export P4_RSHCOMMAND=/usr/pbs/bin/pbs_remsh /usr/local/openmpi/bin/mpirun -np 12 -machinefile node /home/app/vasp5212.om > output 1.第4-6行是什么意思？ 2.怎么做能实现下面那种循环？ #!/bin/sh rm WAVECAR for i in 0.10 0.12 0.14 0.16 0.18 0.20 0.22 0.24 0.26 0.28 0.30 do cat > INCAR <<! SYSTEM = Al-fcc ENCUT = 250 ISTART = 0 ; ICHARG = 2 ISMEAR = 0; SIGMA = $i PREC = Accurate ! echo "SIGMA = $i eV" ; time vasp TS=‘grep "EENTRO" OUTCAR | tail -1 | awk ’{printf "%12.6f \n", $5 }’‘ echo $i $TS >>comment done |
回复此楼» 猜你喜欢
359求调剂
已经有3人回复
-
各位老师您好：本人初试372分
已经有5人回复
-
285求调剂
已经有3人回复
-
282求调剂
已经有3人回复
-
081700 调剂 267分
已经有10人回复
-
293求调剂
已经有7人回复
-
303求调剂
已经有7人回复
-
材料277求调剂
已经有3人回复
-
北科281学硕材料求调剂
已经有10人回复
-
085602 289分求调剂
已经有6人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- vasp脚本问题
已经有19人回复
- 深圳超算lsf问题
已经有0人回复
- 如何在服务器计算vasp
已经有4人回复
- 如何用VASP计算单个He原子的能量？
已经有17人回复
- vasp脚本提交计算问题
已经有0人回复
- 跪求脚本运行方法
已经有0人回复
- qsub提交并行siesta不成功，求助
已经有1人回复
- vasp并行问题及NEB计算出错
已经有5人回复
- 【求助成功】本人新手，求助一个计算实例问题，谢谢
已经有3人回复
- 关于VASP共线与非共线计算任务提交的脚本问题
已经有2人回复
devinhu
木虫 (小有名气)
- 应助: 37 (小学生)
- 金币: 2459.6
- 红花: 20
- 帖子: 160
- 在线: 210小时
- 虫号: 1408034
- 注册: 2011-09-19
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
|
#PBS -N ws2 #PBS -l nodes=1:ppn=12 cd $PBS_O_WORKDIR cp $PBS_NODEFILE node export P4_RSHCOMMAND=/usr/pbs/bin/pbs_remsh rm WAVECAR for i in 0.10 0.12 0.14 0.16 0.18 0.20 0.22 0.24 0.26 0.28 0.30 do cat > INCAR <<! SYSTEM = Al-fcc ENCUT = 250 ISTART = 0 ; ICHARG = 2 ISMEAR = 0; SIGMA = $i PREC = Accurate ! echo "SIGMA = $i eV" /usr/local/openmpi/bin/mpirun -np 12 -machinefile node /home/app/vasp5212.om > output TS=‘grep "EENTRO" OUTCAR | tail -1 | awk ’{printf "%12.6f \n", $5 }’‘ echo $i $TS >>comment done |
2楼2015-12-09 11:16:32
3楼2015-12-09 13:32:00
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
|
cd $PBS_O_WORKDIR：进入工作目录。$PBS_O_WORKDIR是PBS系统内置的变量，代表工作目录。 cp $PBS_NODEFILE node：这个NODEFILE同上，代表你们集群上节点的信息。 export P4_RSHCOMMAND=/usr/pbs/bin/pbs_remsh：指定了PBS系统的目录 /usr/local/openmpi/bin/mpirun -np 12 -machinefile node /home/app/vasp5212.om > output：指定了VASP5.2.12的并行版本所在的目录，指定了工作节点信息，并且把输出文件合并到output当中。 建议楼主多看些Linux的资料。 |
4楼2015-12-11 08:55:05
