24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
查看: 1595  |  回复: 19

小雨熊

木虫 (正式写手)

[求助] vasp脚本问题已有1人参与

pbs提交任务的脚本 在单独运行vasp任务时可以用,但是在pbs脚本中调用force脚本,任务就不动了,是哪里搞错了?

vasp脚本问题
未命名.JPG
回复此楼

» 猜你喜欢

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wobure

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
能提交上去么?报的什么错误,force脚本是shell脚本?是force脚本没算,还是vasp没算。。
2楼2016-01-23 17:29:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小雨熊

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by wobure at 2016-01-23 17:29:23
能提交上去么?报的什么错误,force脚本是shell脚本?是force脚本没算,还是vasp没算。。

嗯 force是shell脚本,任务能提交上去,但是force没算
3楼2016-01-23 17:55:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小雨熊

木虫 (正式写手)

#!/bin/sh

for a in 01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30
do
cp POSCAR-0$a POSCAR
mpiexec -np 20 vasp >> log
cp vasprun.xml vasprun.xml-0$a
done

这个是force文件

正常执行的结果应该是在log文件中显示


running on    2 nodes
distr:  one band on    2 nodes,    1 groups
vasp.5.2.2 15Apr09 complex
POSCAR found :  2 types and   16 ions
LDA part: xc-table for Pade appr. of Perdew
POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup
FFT: planning ...(           1 )
reading WAVECAR
entering main loop
       N       E                     dE             d eps       ncg     rms          rms(c)
RMM:   1     0.709851747703E+03    0.70985E+03   -0.27547E+04  1640   0.141E+03


但是现在log文件显示


POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup
WARNING: small aliasing (wrap around) errors must be expected
FFT: planning ...
WAVECAR not read

然后卡住不动
4楼2016-01-23 18:26:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wobure

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
小雨熊: 金币+5, ★★★很有帮助, 试过直接加到pbs脚本中,也是卡住不动 2016-01-24 19:33:28
建议把里边的脚本内容直接放到pbs脚本中试试
5楼2016-01-23 19:54:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

afan0012

木虫 (小有名气)

看这个force的内容,不需要写到运行vasp的脚本里呀。

发自小木虫Android客户端
6楼2016-01-23 23:32:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

afan0012

木虫 (小有名气)

7楼2016-01-23 23:39:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小雨熊

木虫 (正式写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by afan0012 at 2016-01-23 23:39:00
你是怎么提交

qsub 提交
8楼2016-01-24 19:32:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fmying

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
小雨熊: 金币+15, ★★★很有帮助, 谢谢哦 2016-01-24 22:04:50
1 你有在每次qsub之前删除log吗?因为force中的>>是追加哦。N次qsub的内容会全部放到一个log中的。最好删除log后再qsub一下看看。
2 你确定是卡在force上了吗?你从管理节点用ssh命令登陆计算节点是否需要输入密码?还是比如 ssh c0101直接无需密码登陆计算节点c0101?
上善若水
9楼2016-01-24 21:41:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fmying

银虫 (小有名气)

另外给两个建议:
1 请用uniq来计算节点数
上善若水
10楼2016-01-24 21:43:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 小雨熊 的主题更新
信息提示
请填处理意见