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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » vasp脚本问题
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fmying

银虫 (小有名气)
这样遇上ppn不是20的时候也没问题。
2 推荐尽量用-machinefile，少用或不用-np。-machinefile使用了就不用制定-np了，而对于跨结点的计算，只能用-machinefile，这个参数的适用范围更广。
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上善若水
11楼2016-01-24 21:44:56
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小雨熊

木虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by fmying at 2016-01-24 21:41:09
1 你有在每次qsub之前删除log吗？因为force中的>>是追加哦。N次qsub的内容会全部放到一个log中的。最好删除log后再qsub一下看看。
2 你确定是卡在force上了吗？你从管理节点用ssh命令登陆计算节点是否需要输 ...

1. 每次qsub 之前都会删除log文件
2. 我猜是卡在force上了，log文件中有错误信息
VERY BAD NEWS! internal error in subroutine IBZKPT:
Reciprocal lattice and k-lattice belong to different class of lattices. Often results are still useful...     168
POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup
WARNING: small aliasing (wrap around) errors must be expected
FFT: planning ...
WAVECAR not read

但 反复修改之后 还是有这样的信息 之后就卡着不动 他是有占用内存和cpu的
另外 登陆节点是要输入密码的
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12楼2016-01-24 22:08:16
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小雨熊

木虫 (正式写手)
引用回帖:
11楼: Originally posted by fmying at 2016-01-24 21:44:56
这样遇上ppn不是20的时候也没问题。
2 推荐尽量用-machinefile，少用或不用-np。-machinefile使用了就不用制定-np了，而对于跨结点的计算，只能用-machinefile，这个参数的适用范围更广。

好的 谢谢你
另外 有个问题 单独运行pbs的脚本是没有问题 可以进行计算的 但是 像这种要调用其他脚本的任务可以运行 但是计算速度是不对的 请问这个？
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13楼2016-01-24 22:13:27
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afan0012

木虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 小雨熊 at 2016-01-24 19:32:37
qsub 提交

直接执行./force就可以了。但是还要做一些修改。准备好必备的输入文件，以及POSCAR-00x，有必要的话，修改一下force文件里VASP的执行路径。但是考虑到计算效率，最好还是加上qsub *.pbs命令，去掉mpiexe那一行，然后修改a的范围。现在这个force只能等得到一个vasprun之后才能执行下一个任务，而且，也没有判断任务是否执行完的语句，这样是不对的。

发自小木虫Android客户端
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14楼2016-01-24 23:33:40
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i19870503

银虫 (小有名气)
引用回帖:
13楼: Originally posted by 小雨熊 at 2016-01-24 22:13:27
好的 谢谢你
另外 有个问题 单独运行pbs的脚本是没有问题 可以进行计算的 但是 像这种要调用其他脚本的任务可以运行 但是计算速度是不对的 请问这个？...

嘛…虽然不太了解你那软件，因为单个运行没问题，shell是可以进行并行处理计算的，如果配置可以的话

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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15楼2016-01-25 11:54:34
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小雨熊

木虫 (正式写手)
引用回帖:
14楼: Originally posted by afan0012 at 2016-01-24 23:33:40
直接执行./force就可以了。但是还要做一些修改。准备好必备的输入文件，以及POSCAR-00x，有必要的话，修改一下force文件里VASP的执行路径。但是考虑到计算效率，最好还是加上qsub *.pbs命令，去掉mpiexe那一行，然 ...

这个vasp计算的目的是通过POSCAR-00x得到对应的vasprun，这两个脚本在A服务器上是可用的，转到B服务器上就会遇到这样的问题
而在pbs脚本中没有最后的./force，qsub提交任务是可以正常运算的
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16楼2016-01-25 14:22:51
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afan0012

木虫 (小有名气)
引用回帖:
16楼: Originally posted by 小雨熊 at 2016-01-25 14:22:51
这个vasp计算的目的是通过POSCAR-00x得到对应的vasprun，这两个脚本在A服务器上是可用的，转到B服务器上就会遇到这样的问题
而在pbs脚本中没有最后的./force，qsub提交任务是可以正常运算的
...

可以参考phonopy某个使用说明里的脚本。或者估计一下一个任务跑完的时间，如果一小时能跑完，就在force里面加上sleep 3600 ，之后再跟上cp vasprun* vasprun_00$a。
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17楼2016-01-25 17:28:19
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小雨熊

木虫 (正式写手)
引用回帖:
17楼: Originally posted by afan0012 at 2016-01-25 17:28:19
可以参考phonopy某个使用说明里的脚本。或者估计一下一个任务跑完的时间，如果一小时能跑完，就在force里面加上sleep 3600 ，之后再跟上cp vasprun* vasprun_00$a。...

其实这就是vasp+phonopy运算的脚本，运算量挺大，一个小时跑不完，怎么处理？把sleep后面的数值改大？谢谢你
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18楼2016-01-25 18:57:33
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小雨熊

木虫 (正式写手)
引用回帖:
15楼: Originally posted by i19870503 at 2016-01-25 11:54:34
嘛…虽然不太了解你那软件，因为单个运行没问题，shell是可以进行并行处理计算的，如果配置可以的话
...

谢谢你
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19楼2016-01-25 18:57:55
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afan0012

木虫 (小有名气)
引用回帖:
18楼: Originally posted by 小雨熊 at 2016-01-25 18:57:33
其实这就是vasp+phonopy运算的脚本，运算量挺大，一个小时跑不完，怎么处理？把sleep后面的数值改大？谢谢你...

是的。可以先提交几个，统计过运行时间后就可以把sleep 后面的数值改成相应的时间。如果你可以一次提交几个任务，按照phonopy.pdf里面的脚本设置比较合适，只要把提交任务的命令改成qsub *.pbs就可以了。如果一次只能运行一个任务，用sleep 命令，同时在执行写成 ./force & 让它后台排队比较好。即使把force的内容写到vasp脚本里，它也是执行不了的。按照你最开始那个截图提交脚本的话，就变成了 qsub job.pbs（假设是这个名字），然后force开始执行，那么你的工作目录下POSCAR将从01到 30挨个的换，然后每次都会提交。连续提交30个任务，不卡住才怪了。。你可以试一下，看看最后的POSCAR是不是和POSCAR-030一样。
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20楼2016-01-25 19:37:39
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