9楼: Originally posted by fmying at 2016-01-24 21:41:09
1 你有在每次qsub之前删除log吗？因为force中的>>是追加哦。N次qsub的内容会全部放到一个log中的。最好删除log后再qsub一下看看。
2 你确定是卡在force上了吗？你从管理节点用ssh命令登陆计算节点是否需要输 ...

11楼: Originally posted by fmying at 2016-01-24 21:44:56
这样遇上ppn不是20的时候也没问题。
2 推荐尽量用-machinefile，少用或不用-np。-machinefile使用了就不用制定-np了，而对于跨结点的计算，只能用-machinefile，这个参数的适用范围更广。

8楼: Originally posted by 小雨熊 at 2016-01-24 19:32:37
qsub 提交

13楼: Originally posted by 小雨熊 at 2016-01-24 22:13:27
好的 谢谢你
另外 有个问题 单独运行pbs的脚本是没有问题 可以进行计算的 但是 像这种要调用其他脚本的任务可以运行 但是计算速度是不对的 请问这个？...

14楼: Originally posted by afan0012 at 2016-01-24 23:33:40
直接执行./force就可以了。但是还要做一些修改。准备好必备的输入文件，以及POSCAR-00x，有必要的话，修改一下force文件里VASP的执行路径。但是考虑到计算效率，最好还是加上qsub *.pbs命令，去掉mpiexe那一行，然 ...

16楼: Originally posted by 小雨熊 at 2016-01-25 14:22:51
这个vasp计算的目的是通过POSCAR-00x得到对应的vasprun，这两个脚本在A服务器上是可用的，转到B服务器上就会遇到这样的问题
而在pbs脚本中没有最后的./force，qsub提交任务是可以正常运算的
...

17楼: Originally posted by afan0012 at 2016-01-25 17:28:19
可以参考phonopy某个使用说明里的脚本。或者估计一下一个任务跑完的时间，如果一小时能跑完，就在force里面加上sleep 3600 ，之后再跟上cp vasprun* vasprun_00$a。...

15楼: Originally posted by i19870503 at 2016-01-25 11:54:34
嘛…虽然不太了解你那软件，因为单个运行没问题，shell是可以进行并行处理计算的，如果配置可以的话
...

18楼: Originally posted by 小雨熊 at 2016-01-25 18:57:33
其实这就是vasp+phonopy运算的脚本，运算量挺大，一个小时跑不完，怎么处理？把sleep后面的数值改大？谢谢你...