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小雨熊

木虫 (正式写手)

[求助] vasp脚本问题已有1人参与

pbs提交任务的脚本 在单独运行vasp任务时可以用,但是在pbs脚本中调用force脚本,任务就不动了,是哪里搞错了?

vasp脚本问题
未命名.JPG
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afan0012

木虫 (小有名气)

引用回帖:
16楼: Originally posted by 小雨熊 at 2016-01-25 14:22:51
这个vasp计算的目的是通过POSCAR-00x得到对应的vasprun,这两个脚本在A服务器上是可用的,转到B服务器上就会遇到这样的问题
而在pbs脚本中没有最后的./force,qsub提交任务是可以正常运算的
...

可以参考phonopy某个使用说明里的脚本。或者估计一下一个任务跑完的时间,如果一小时能跑完,就在force里面加上sleep 3600 ,之后再跟上cp vasprun* vasprun_00$a。
17楼2016-01-25 17:28:19
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wobure

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
能提交上去么?报的什么错误,force脚本是shell脚本?是force脚本没算,还是vasp没算。。
2楼2016-01-23 17:29:23
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小雨熊

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by wobure at 2016-01-23 17:29:23
能提交上去么?报的什么错误,force脚本是shell脚本?是force脚本没算,还是vasp没算。。

嗯 force是shell脚本,任务能提交上去,但是force没算
3楼2016-01-23 17:55:10
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小雨熊

木虫 (正式写手)

#!/bin/sh

for a in 01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30
do
cp POSCAR-0$a POSCAR
mpiexec -np 20 vasp >> log
cp vasprun.xml vasprun.xml-0$a
done

这个是force文件

正常执行的结果应该是在log文件中显示


running on    2 nodes
distr:  one band on    2 nodes,    1 groups
vasp.5.2.2 15Apr09 complex
POSCAR found :  2 types and   16 ions
LDA part: xc-table for Pade appr. of Perdew
POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup
FFT: planning ...(           1 )
reading WAVECAR
entering main loop
       N       E                     dE             d eps       ncg     rms          rms(c)
RMM:   1     0.709851747703E+03    0.70985E+03   -0.27547E+04  1640   0.141E+03


但是现在log文件显示


POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup
WARNING: small aliasing (wrap around) errors must be expected
FFT: planning ...
WAVECAR not read

然后卡住不动
4楼2016-01-23 18:26:19
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