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跪求脚本运行方法
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这是候柱锋的讲义里面第一VASP脚本 #!/bin/sh rm WAVECAR for i in 150 200 250 300 350 400 do cat > INCAR < system=Si-diamond encut=$i istart=0;icharg=2 ismear=-5 prec=accurate ! echo "ENCUT=$i eV"; time vasp#这里好像有问题 E='grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f \n",$5}'' echo $i $E >> comment done 我们提交作业用如下的vasp.pbs脚本 #!/bin/bash #PBS -N vasp #PBS -lnodes=1:ppn=8 #PBS -q q3 #PBS -e err #PBS -o out echo $PBS_O_WORKDIR NCPUS=`wc -l $PBS_NODEFILE | awk '{print $1}'` echo $NCPUS #Run your executable #echo starting #date cd $PBS_O_WORKDIR /share/apps/mpi/openmpi/bin/mpirun -np $NCPUS -machinefile $PBS_NODEFILE --mca btl openib,self --mca btl_tcp_if_exclude lo,eth0 /share/apps/vasp/vasp5 > runlog #date #echo ending 跪求大神指点如何运行第一个脚本计算不同ENCUT下的TOTEN值放到comment文件中 |
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