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王金荣1987

铁虫 (初入文坛)

[求助] 关于PWscf中的位置坐标设置问题

我在用PWscf计算一个氮化物的时的脚本是这样的
cd /home/ghz/wjr/cscl
for i in `seq -w 4.11 0.1 9.31`
do
cd /home/ghz/wjr/cscl
mkdir $i
cd $i
cat > RhN.in < &control
    calculation = 'scf'
    restart_mode='from_scratch',
    prefix='RhN',
    tstress = .true.
    tprnfor = .true.
    forc_conv_thr=1.0D-4
    etot_conv_thr=1.0D-6
    pseudo_dir = '/home/ghz/wjr/espresso-4.3-examples/pseudo/',
    outdir='/home/ghz/wjr/tmp/'
/
&system
    ibrav= 3, celldm(1) =$i, nat= 2, ntyp= 2,ecutwfc=100,
occupations='smearing', smearing='marzari-vanderbilt', degauss=0.05
/
&electrons
    diagonalization='david'
    mixing_mode = 'plain'
    mixing_beta = 0.7
    conv_thr =  1.0d-8
/
ATOMIC_SPECIES
Rh 102.906  Rh.pbe-rrkjus_lb.UPF
N  14.007  N.pbe-paw_kj.UPF
ATOMIC_POSITIONS crystal
Rh    0.00 0.00 0.00
N     0.50 0.50 0.50
K_POINTS automatic
24 24 24 0 0 0
EOF
/home/ghz/wjr/espresso-4.3/bin/pw.x RhNk=$i.out
sed -n '/!    total energy/p' RhNk=$i.out | awk '{print $5}' >> ../total_energy.txt
sed -n '/unit-cell volume          =/p' RhNk=$i.out | awk '{print $4}' >> ../cell_volume.txt
cd ..
done
但是算出来的结果用EOS拟合之后得到的体模量,晶格常数和文献上别人用其他软件算的差了很远。我怀疑是我的位置坐标设的不对,算的这个晶格类型是体心立方,ibrav=3。这个问题已经纠结我两个星期了,我是新手,请高手指点啊,急死了。
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坚持就是胜利!
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王金荣1987

铁虫 (初入文坛)

跪求各位大侠相救啊。
坚持就是胜利!
2楼2012-04-27 13:07:45
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gemucai

木虫 (正式写手)

★ ★ ★
fzx2008: 金币+1, 鼓励交流 2012-04-27 16:19:23
WDD880227: 金币+2, 感谢交流给出建议! 2012-04-28 08:58:11
我不是高手,只能给一点小建议:
1.鉴于你的能量截断和K点已经足够高,检查赝势。
2.你用GGA与别人用LDA比的话软很多是正常的。
3.暂时没想到
3楼2012-04-27 15:24:26
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souledge

专家顾问 (著名写手)


fzx2008: 金币+1, 专家考核, 谢谢回帖! 2012-04-28 13:07:24
引用回帖:
3楼: Originally posted by gemucai at 2012-04-27 15:24:26:
我不是高手,只能给一点小建议:
1.鉴于你的能量截断和K点已经足够高,检查赝势。
2.你用GGA与别人用LDA比的话软很多是正常的。
3.暂时没想到

你不觉得LZ的赝势用得蛮乱么?第一个应该是rrkj形式的超软,第二个则是PAW~~~~
思想重于技巧,内涵重于表象
4楼2012-04-27 19:46:26
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gemucai

木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by souledge at 2012-04-27 19:46:26:
你不觉得LZ的赝势用得蛮乱么?第一个应该是rrkj形式的超软,第二个则是PAW~~~~

对啊,能不能混用也是个问题。
还有一点,超软赝势要设置ecutrho=1000,如果默认的话就太小了。然而另一个PAW赝势,不太清楚要设置为多少。。。
5楼2012-04-28 09:40:38
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goldenfisher

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zzy870720z: 金币+2, 专家考核, 谢谢指教 2012-04-28 12:33:59
首先,前面各位说的都对,你的赝势和一些参数设置有点问题。
其次,我敢肯定,你的结构弄错了。把ibrav=3改成ibrav=1
为什么呢?你自己思考思考。固体物理估计你完全忘记了!
6楼2012-04-28 12:03:07
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goldenfisher

金虫 (著名写手)

★ ★
zzy870720z: 金币+2, 谢谢补充 2012-04-28 12:34:10
还有就是所谓不能混用赝势,是指不同类型的交换关联泛函不能混用,比如PBE和PZ不能混用。你这里都是PBE,原则上还是可以的。只是一个是简单的超软,一个是PAW类型的超软。基本上不会有什么大问题。但是原则上最好统一类型
7楼2012-04-28 12:09:14
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souledge

专家顾问 (著名写手)

★ ★
fzx2008: 金币+2, 专家考核, 谢谢回帖! 2012-04-28 13:08:12
引用回帖:
7楼: Originally posted by goldenfisher at 2012-04-28 12:09:14:
还有就是所谓不能混用赝势,是指不同类型的交换关联泛函不能混用,比如PBE和PZ不能混用。你这里都是PBE,原则上还是可以的。只是一个是简单的超软,一个是PAW类型的超软。基本上不会有什么大问题。但是原则上最好 ...

话是这么说,手册中也很清楚得写着不同类型的赝势可以混用,比如NCPP和USPP混用之类的。不过试了几次,总觉得怪怪的,大概可能因为用的NCPP是GTH的,属于解析赝势,而USPP是Vanderbilt的……
不过,话说,如果用了不同XC泛函的,然后用input_dft参数强制XC泛函的话可以不可以呢?看着CASTEP似乎就那么个玩法,整个GGA的赝势就一套赝势XX_pbe00.ups,然后PBE,PW91,WC等泛函都是外加的……
顺便,感觉这个模型有点纠结,如果是ibrav=1,那就不是BCC结构了,而是SC……因为原点和体心的原子类型不同,不符合BCC的对称性……搜了ICSD,没看到有BCC结构的RhN,只见到了四方结构的RhN2……
思想重于技巧,内涵重于表象
8楼2012-04-28 12:34:32
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goldenfisher

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
fzx2008: 金币+3, 专家考核, 谢谢指教 2012-04-28 13:08:40
引用回帖:
8楼: Originally posted by souledge at 2012-04-28 12:34:32:
话是这么说,手册中也很清楚得写着不同类型的赝势可以混用,比如NCPP和USPP混用之类的。不过试了几次,总觉得怪怪的,大概可能因为用的NCPP是GTH的,属于解析赝势,而USPP是Vanderbilt的……
不过,话说,如果用 ...

我没有说这不是BCC了,这里输入的晶体构型和原子坐标必须配套。换句话说,如果你用ibrav=3,你就只需要给出一个原子的坐标即可,那就是坐标原点。如果你用ibrav=1,那你把不等价的原子坐标都给出来,就是lz那样。二者对称性实际上是一样的。我不知道固体物理里面讲的时候大家有没有思考过这个问题,单胞和超胞,二者对称性并不改变,但是对应不等价原子而已。这种情况比比皆是。即使当超胞,你也可以按单胞不等价原子的类型来构建。
9楼2012-04-28 12:50:13
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goldenfisher

金虫 (著名写手)

★ ★
fzx2008: 金币+2, 专家考核, 谢谢回帖! 2012-04-28 13:08:59
所谓SC,BCC和FCC,只是一个名称,何必拘泥于形式。关键是要搞清楚其中的物理。如果即用了BCC构型,又给出了不等价原子的坐标,大家想想会出现什么情况?
10楼2012-04-28 12:55:02
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