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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » QE(Pwscf) » 关于PWscf中的位置坐标设置问题
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王金荣1987

铁虫 (初入文坛)

[求助] 关于PWscf中的位置坐标设置问题

我在用PWscf计算一个氮化物的时的脚本是这样的
cd /home/ghz/wjr/cscl
for i in `seq -w 4.11 0.1 9.31`
do
cd /home/ghz/wjr/cscl
mkdir $i
cd $i
cat > RhN.in < &control
    calculation = 'scf'
    restart_mode='from_scratch',
    prefix='RhN',
    tstress = .true.
    tprnfor = .true.
    forc_conv_thr=1.0D-4
    etot_conv_thr=1.0D-6
    pseudo_dir = '/home/ghz/wjr/espresso-4.3-examples/pseudo/',
    outdir='/home/ghz/wjr/tmp/'
/
&system
    ibrav= 3, celldm(1) =$i, nat= 2, ntyp= 2,ecutwfc=100,
occupations='smearing', smearing='marzari-vanderbilt', degauss=0.05
/
&electrons
    diagonalization='david'
    mixing_mode = 'plain'
    mixing_beta = 0.7
    conv_thr =  1.0d-8
/
ATOMIC_SPECIES
Rh 102.906  Rh.pbe-rrkjus_lb.UPF
N  14.007  N.pbe-paw_kj.UPF
ATOMIC_POSITIONS crystal
Rh    0.00 0.00 0.00
N     0.50 0.50 0.50
K_POINTS automatic
24 24 24 0 0 0
EOF
/home/ghz/wjr/espresso-4.3/bin/pw.x RhNk=$i.out
sed -n '/!    total energy/p' RhNk=$i.out | awk '{print $5}' >> ../total_energy.txt
sed -n '/unit-cell volume          =/p' RhNk=$i.out | awk '{print $4}' >> ../cell_volume.txt
cd ..
done
但是算出来的结果用EOS拟合之后得到的体模量，晶格常数和文献上别人用其他软件算的差了很远。我怀疑是我的位置坐标设的不对，算的这个晶格类型是体心立方，ibrav=3。这个问题已经纠结我两个星期了，我是新手，请高手指点啊，急死了。
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坚持就是胜利！
1楼2012-04-25 21:43:06
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王金荣1987

铁虫 (初入文坛)
跪求各位大侠相救啊。
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坚持就是胜利！
2楼2012-04-27 13:07:45
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gemucai

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
fzx2008: 金币+1, 鼓励交流 2012-04-27 16:19:23
WDD880227: 金币+2, 感谢交流给出建议！ 2012-04-28 08:58:11
我不是高手，只能给一点小建议：
1.鉴于你的能量截断和K点已经足够高，检查赝势。
2.你用GGA与别人用LDA比的话软很多是正常的。
3.暂时没想到
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3楼2012-04-27 15:24:26
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souledge

专家顾问 (著名写手)
★
fzx2008: 金币+1, 专家考核, 谢谢回帖！ 2012-04-28 13:07:24
引用回帖:
3楼: Originally posted by gemucai at 2012-04-27 15:24:26:
我不是高手，只能给一点小建议：
1.鉴于你的能量截断和K点已经足够高，检查赝势。
2.你用GGA与别人用LDA比的话软很多是正常的。
3.暂时没想到

你不觉得LZ的赝势用得蛮乱么？第一个应该是rrkj形式的超软，第二个则是PAW～～～～
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思想重于技巧，内涵重于表象
4楼2012-04-27 19:46:26
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gemucai

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by souledge at 2012-04-27 19:46:26:
你不觉得LZ的赝势用得蛮乱么？第一个应该是rrkj形式的超软，第二个则是PAW～～～～

对啊，能不能混用也是个问题。
还有一点，超软赝势要设置ecutrho=1000，如果默认的话就太小了。然而另一个PAW赝势，不太清楚要设置为多少。。。
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5楼2012-04-28 09:40:38
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goldenfisher

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zzy870720z: 金币+2, 专家考核, 谢谢指教 2012-04-28 12:33:59
首先，前面各位说的都对，你的赝势和一些参数设置有点问题。
其次，我敢肯定，你的结构弄错了。把ibrav=3改成ibrav=1
为什么呢？你自己思考思考。固体物理估计你完全忘记了!
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6楼2012-04-28 12:03:07
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goldenfisher

金虫 (著名写手)
★ ★
zzy870720z: 金币+2, 谢谢补充 2012-04-28 12:34:10
还有就是所谓不能混用赝势，是指不同类型的交换关联泛函不能混用，比如PBE和PZ不能混用。你这里都是PBE，原则上还是可以的。只是一个是简单的超软，一个是PAW类型的超软。基本上不会有什么大问题。但是原则上最好统一类型
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7楼2012-04-28 12:09:14
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souledge

专家顾问 (著名写手)
★ ★
fzx2008: 金币+2, 专家考核, 谢谢回帖！ 2012-04-28 13:08:12
引用回帖:
7楼: Originally posted by goldenfisher at 2012-04-28 12:09:14:
还有就是所谓不能混用赝势，是指不同类型的交换关联泛函不能混用，比如PBE和PZ不能混用。你这里都是PBE，原则上还是可以的。只是一个是简单的超软，一个是PAW类型的超软。基本上不会有什么大问题。但是原则上最好 ...

话是这么说，手册中也很清楚得写着不同类型的赝势可以混用，比如NCPP和USPP混用之类的。不过试了几次，总觉得怪怪的，大概可能因为用的NCPP是GTH的，属于解析赝势，而USPP是Vanderbilt的……
不过，话说，如果用了不同XC泛函的，然后用input_dft参数强制XC泛函的话可以不可以呢？看着CASTEP似乎就那么个玩法，整个GGA的赝势就一套赝势XX_pbe00.ups，然后PBE，PW91，WC等泛函都是外加的……
顺便，感觉这个模型有点纠结，如果是ibrav=1，那就不是BCC结构了，而是SC……因为原点和体心的原子类型不同，不符合BCC的对称性……搜了ICSD，没看到有BCC结构的RhN，只见到了四方结构的RhN2……
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思想重于技巧，内涵重于表象
8楼2012-04-28 12:34:32
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goldenfisher

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
fzx2008: 金币+3, 专家考核, 谢谢指教 2012-04-28 13:08:40
引用回帖:
8楼: Originally posted by souledge at 2012-04-28 12:34:32:
话是这么说，手册中也很清楚得写着不同类型的赝势可以混用，比如NCPP和USPP混用之类的。不过试了几次，总觉得怪怪的，大概可能因为用的NCPP是GTH的，属于解析赝势，而USPP是Vanderbilt的……
不过，话说，如果用 ...

我没有说这不是BCC了，这里输入的晶体构型和原子坐标必须配套。换句话说，如果你用ibrav=3,你就只需要给出一个原子的坐标即可，那就是坐标原点。如果你用ibrav=1,那你把不等价的原子坐标都给出来，就是lz那样。二者对称性实际上是一样的。我不知道固体物理里面讲的时候大家有没有思考过这个问题，单胞和超胞，二者对称性并不改变，但是对应不等价原子而已。这种情况比比皆是。即使当超胞，你也可以按单胞不等价原子的类型来构建。
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9楼2012-04-28 12:50:13
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goldenfisher

金虫 (著名写手)
★ ★
fzx2008: 金币+2, 专家考核, 谢谢回帖！ 2012-04-28 13:08:59
所谓SC，BCC和FCC，只是一个名称，何必拘泥于形式。关键是要搞清楚其中的物理。如果即用了BCC构型，又给出了不等价原子的坐标，大家想想会出现什么情况？
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10楼2012-04-28 12:55:02
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