| 查看: 1947 | 回复: 5 | |||
[求助]
荧光定量PCR数据处理问题 已有4人参与
|
|
我用了两种可以抑制稻瘟病菌的放线菌处理水稻，然后接种稻瘟病菌，紧接着每天剪叶子，提RNA做反转录，然后以防御酶基因为目的基因跑荧光定量PCR。现在结果出来了，不知道怎么处理数据。实验一共分为六组。一：单独A菌处理水稻；二：单独B菌处理水稻；三：无菌水处理水稻；四：A菌处理水稻后接种稻瘟；五：B菌处理水稻后接种稻瘟；六：无菌水处理水稻后接种稻瘟；最终想说明A菌，B菌促进了防御基因表达，并且想有一个时间为横坐标，基因相对表达量为纵坐标的图。 我知道应该用2的负△△Ct的方法来算。但是问题就在于 第一个问题：我的仪器上给出的Cq值，和Ct值是一回事？ 第二个问题：△Ct=Ct目的基因—Ct内参基因，这个我知道。但是△△Ct=实验组△Ct—对照组△Ct，上述6组，我应该选哪一组作为对照组？ 第三个问题：如果是比较每一天的表达量的差异，我是以每一天的对照组来计算目的基因的表达量，还是应该以0天时的对照组来比较后续每一天的各个组的表达量？ 这么说要不要我直接给数据，哪位大神帮忙算算？ 第0天：一组目的基因Ct28.98，内参26.92，二组目的基因26.85，内参26.48；三组目的基因26.06，内参25.98；四组目的基因28.11，内参26.54；五组目的基因30.35，内参26.14，六组目的基因28.11，内参26.72 第1天：一组目的基因Ct20.64，内参22.71，二组目的基因22.14，内参22.53；三组目的基因20.44，内参22.64；四组目的基因24.55，内参23.48；五组目的基因25.6，内参23.33，六组目的基因24.80，内参23.62 万分感激，急盼各位大神伸出援手 |
回复此楼» 猜你喜欢
含氟糖皮质激素的外用抗炎利器醋酸氟轻松
已经有0人回复
-
阿莫奈韦（Amenamevir）：解旋酶-引物酶靶向分子的结构特征与合成路径全解析
已经有0人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有249人回复
-
利瑞鲁单抗：靶向KIR的NK细胞检查点工具抗体，结构基础与科研应用全解析
已经有0人回复
-
Wnt-C59：PORCN靶向化学探针，Wnt信号通路阻断机制与科研应用全解析
已经有0人回复
-
Fexaramine：肠道限制性FXR化学探针，结构特征与信号通路研究全解析
已经有0人回复
-
NVS-STG2：靶向STING跨膜域的分子胶类激动剂，结构特征与寡聚化机制研究全解析
已经有0人回复
-
DOTA-GPC3肽（CAS 3066439-94-6）：双功能分子探针前体的结构特征与标记应用解析
已经有0人回复
-
科研用 TLR7/8 双激动剂怎么选？现货与质控要点
已经有0人回复
-
SEL120-34A HCl：CDK8/CDK19高选择性激酶抑制剂
已经有0人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 几段中文翻译成英文 急求呀 拜托大家帮帮忙
已经有6人回复
- 【推荐】973 三维培养干细胞自我更新与定向分化的调控网络
已经有9人回复
- 【分享】荧光定量PCR实验指南（一）
已经有20人回复
liushu0226
至尊木虫 (职业作家)
- 应助: 57 (初中生)
- 金币: 16751
- 散金: 138
- 红花: 9
- 帖子: 3454
- 在线: 579.2小时
- 虫号: 893462
- 注册: 2009-11-04
- 专业: 污染生态化学
2楼2015-11-23 09:18:56
3楼2015-11-23 09:59:11
218854055
银虫 (初入文坛)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 26.3
- 散金: 70
- 帖子: 45
- 在线: 18.1小时
- 虫号: 2697878
- 注册: 2013-10-04
- 性别: GG
- 专业: 植物病理学
【答案】应助回帖
|
第一个问题，cp=ct。 第二问题，这里你的设计里面没讲清楚问题。如果是A、B菌单纯促进水稻防御基因的话，你的第一、第二组分别对照第三就要以每天CK实验组当对照，放置所有样品随时间环境会引起细微变化。 我这里提两个问题。1、你的目的基因是否在预实验验证了它的稳定性？2、2的负△△Ct，要求基因的扩增效率达到近100%，相差不能超过5%。实际试验中，内参基因和目的基因的扩增效率都达不到，所以要换一种计算方法的。通常目标和内参基因的扩增效率不相近，可以优化或重新设计实验，或者可以Pfaffl 法（这个网站自己找，有些仪器可以自己把扩增效率放进去，可以自己计算）。另外，如果目标基因和参照基因有同样的扩增效率，但是扩增效率不等于2，那么，2–ΔΔCT 法的公式可以修正为用实际扩增效率值代替等式中的2。例如，如果目标基因和参照基因的扩增效率都为1.95，计算公式为1.95–ΔΔCT。 |
4楼2015-11-28 12:28:29
momo12345678
新虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 3
- 散金: 22
- 帖子: 81
- 在线: 33.5小时
- 虫号: 1729592
- 注册: 2012-03-31
- 专业: 药物代谢与药物动力学
5楼2016-03-05 20:29:03
cold_blood
金虫 (小有名气)
- 应助: 6 (幼儿园)
- 金币: 553.8
- 散金: 45
- 红花: 2
- 帖子: 244
- 在线: 70.1小时
- 虫号: 2044605
- 注册: 2012-10-05
- 性别: MM
- 专业: 病原细菌与放线菌生物学
6楼2016-05-03 17:03:51
