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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 微生物高通量测序
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音乐之声0921

银虫 (小有名气)

[求助] 微生物高通量测序 已有2人参与

亲们，高通量测序里都需要统一测序深度吗？公司统一测序度得标准为我7个样品里reads最小的那个样品10029，而我其他样品里最多的达到了105009，是最小的那个的10倍以上，这样计算的多样性结果可靠吗？还有我那个稀释曲线在统一测序深度的那个点能反映样本微生物的多样性吗   

微生物高通量测序
1.png


微生物高通量测序-1
2.png
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1楼 2015-11-20 16:19:50
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czfscf

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
音乐之声0921: 金币+6, ★有帮助 2015-11-20 19:41:48
可以的 可以用。 但你应该有至少3个重复啊
赞一下(2人) 回复此楼
Ecological Genomics；the scientific walking hormone
2楼2015-11-20 18:47:12
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great07225388

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
音乐之声0921: 金币+8, ★★★很有帮助 2015-11-20 19:42:00
这个涉及到数据的抽平的问题，数据抽不抽平不影响微生物群落结构，但是对样品群落丰富度评估的几个参数有影响。

发自小木虫Android客户端
赞一下(2人) 回复此楼
3楼2015-11-20 19:26:38
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音乐之声0921

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by czfscf at 2015-11-20 18:47:12
可以的 可以用。 但你应该有至少3个重复啊

做的混样，没有做重复
赞一下 回复此楼
4楼2015-11-20 19:42:34
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音乐之声0921

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by czfscf at 2015-11-20 18:47:12
可以的 可以用。 但你应该有至少3个重复啊

那我这个样品2,3的测序深度岂不是很小，度不能覆盖大部分微生物信息吧？
赞一下 回复此楼
5楼2015-11-20 19:46:02
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音乐之声0921

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by great07225388 at 2015-11-20 19:26:38
这个涉及到数据的抽平的问题，数据抽不抽平不影响微生物群落结构，但是对样品群落丰富度评估的几个参数有影响。

那我这个样品2,3的测序深度岂不是很小，都不能覆盖大部分微生物信息吧？
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6楼2015-11-20 19:46:15
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小飞虫haha

禁虫 (初入文坛)
本帖内容被屏蔽
7楼2015-11-20 22:07:50
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czfscf

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by 音乐之声0921 at 2015-11-20 19:42:34
做的混样，没有做重复...

孩子 现在没有测序公司不建议混样的 也没有实验人敢不拿混样做的 要不然数据差异太大 但即便是混样 也必须有生物学重复 要不然这样的数据是没有发表的
赞一下(1人) 回复此楼
Ecological Genomics；the scientific walking hormone
8楼2015-11-25 18:18:23
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当陌路放歌

铜虫 (小有名气)
至少三个生物学重复 最好再来三个技术重复 看看差异性显著不

发自小木虫IOS客户端
赞一下 回复此楼
9楼2015-11-25 23:44:18
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