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新虫 (初入文坛)

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注册: 2012-05-09

[求助] 高通量测序

投生态学杂志的论文其中一位专家意见：
对序列的分析方法存在严重问题：从三个样品得到的有效序列数目不同，但这个数目的不同很可能来源于测序过程中的随机性，也就是说，实际多样性高的样品，有可能得到的序列反而偏少。因此，在比较样品多样性及群落结构时，必须做一个“二次随机取样”，保证这种比较在每个样品的序列数相同的基础上进行。这个数值通常采用是样品序列数最低的那个。
不这样分析的后果是：比如DJ3与DJ4这两个样品，从稀缺性曲线来看，DJ3的多样性应该高于DJ4才对，但表中的OTU数目正好相反。因为所用序列DJ4几乎是DJ3的两倍。
讨论：MiSeq只是一种高通量测序平台。此文主题不是方法学，讨论部分应该聚焦于科学问题。引用相关性不大环境（如土壤、奶酪、深海）的国内论文，显得思路狭窄且不得要领。
建议更关注近海或河口沉积物微生物多样性与生物地球化学过程方面的国际、国内文献，尤其沉积物中的氮、碳循环，这与养殖环境状况（包括营养盐、溶氧、有机质再矿化）等直接相关，也与引言中的初衷相呼应。
另外，样品量太少，结果的随机性较大。
不知道该怎么回答这位专家的意见，请教各位

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