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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 分子生理 » 土壤微生物做高通量测序一般需要测几个样品？
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yxl4390

新虫 (初入文坛)

[求助] 土壤微生物做高通量测序一般需要测几个样品？ 已有3人参与

各位大侠好，我想做土壤微生物多样性研究，想直接用高通量测序进行土壤样品分析，我现在不明白一般土壤样品需要测几个才合理？我采了很多平行的土壤样品，混合后就测一个这样可以吗？请指教。
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新手上路，请多指教。
1楼 2016-01-19 15:40:49
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happy6

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
如果经费允许的话，最好设置生物学重复，供参考。
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2楼2016-01-20 09:12:09
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beibeihu113

新虫 (初入文坛)
如果经费充足的话，建议至少测3个平行。但现实中由于经费问题，好多文献都是3个或3个以上样品混合后，进行高通量测序。
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专注微生物生态学研究 QQ2758452825 微基生物 400-660-9270
3楼2016-02-15 14:00:19
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jackyoung

新虫 (正式写手)
有没有处理/对照？或者组内/组间？考虑相应的重复

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CestLaVie
4楼2016-02-15 23:48:45
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KOP利

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

做微生物多样性测序应设置生物学重复（至少3重复），几位楼上是误会楼主要做宏基因组测序了吧？做微生物多样性测序应该选用16s rRNA测序法即可，这个我15年9月份做过，价格为800元/样本，做3万条tags.
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YNWA！
5楼2016-02-16 08:42:50
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mao081312

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

微生物多样性如果进行分组比较，每个组至少设置三个生物学重复，但是每个样本可以根据一定的采样方法进行混样
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6楼2016-02-20 18:15:19
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KOP利

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

16s rRNA测序实验，要做生物学重复才有统计学意义，至少做3组样本。我2周前做的16s 测序实验，700元/样本，老板也觉得很便宜。
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YNWA！
7楼2016-03-03 16:27:45
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崔士元

金虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by KOP利 at 2016-02-16 08:42:50
做微生物多样性测序应设置生物学重复（至少3重复），几位楼上是误会楼主要做宏基因组测序了吧？做微生物多样性测序应该选用16s rRNA测序法即可，这个我15年9月份做过，价格为800元/样本，做3万条tags.

在哪儿做的

发自小木虫IOS客户端
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男人，就要对自己狠一点！
8楼2016-03-03 18:56:47
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KOP利

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
8楼: Originally posted by 崔士元 at 2016-03-03 18:56:47
在哪儿做的
...

我是上海这边的，在上海英拜生物科技有限公司做的。当时是700元/样本，我们实验室做了50个细菌样本。
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YNWA！
9楼2016-03-04 08:43:21
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KOP利

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

微生物多样性研究没多少钱的，就每个样本700元左右。你何不做几十个样本呢，这样既有生物学重复又超不过经费预算。得出来的数据可以直接拿来写文章。多好。我师姐刚跟上海的一家公司签了70个样本的16s 测序实验，每个样本才600元，老板给的经费是8万元。。。。今年师姐毕业。
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YNWA！
10楼2016-03-23 16:55:58
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